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首页> 美国卫生研究院文献>Pathogens >In Silico Analysis of Possible Interaction between Host Genomic Transcription Factors (TFs) and Zika Virus (ZikaSPH2015) Strain with Combinatorial Gene Regulation; Virus Versus Host—The Game Reloaded
【2h】

In Silico Analysis of Possible Interaction between Host Genomic Transcription Factors (TFs) and Zika Virus (ZikaSPH2015) Strain with Combinatorial Gene Regulation; Virus Versus Host—The Game Reloaded

机译：在宿主基因组转录因子（TFS）和Zika病毒（Zikasph2015）与组合基因调控的可能相互作用的硅分析;病毒与主机 - 游戏重新加载

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摘要

In silico analysis is a promising approach for understanding biological events in complex diseases. Herein we report on the innovative computational workflow allowed to highlight new direct interactions between human transcription factors (TFs) and an entire genome of virus ZikaSPH2015 strain in order to identify the occurrence of specific motifs on a genomic Zika Virus sequence that is able to bind and, therefore, sequester host’s TFs. The analysis pipeline was performed using different bioinformatics tools available online (free of charge). According to obtained results of this in silico analysis, it is possible to hypothesize that these TFs binding motifs might be able to explain the complex and heterogeneous phenotype presentation in Zika-virus-affected fetusesewborns, as well as the less severe condition in adults. Moreover, the proposed in silico protocol identified thirty-three different TFs identical to the distribution of TFBSs (Transcription Factor Binding Sites) on ZikaSPH2015 strain, potentially able to influence genes and pathways with biological functions confirming that this approach could find potential answers on disease pathogenesis.
机译：在硅分析中，是理解复杂疾病中生物事件的有希望的方法。在此，我们报告了允许突出人转录因子（TFS）和病毒Zikasph2015菌株的整个基因组之间的新直接相互作用的创新计算工作流程，以便识别能够结合的基因组Zika病毒序列的特定基序的发生因此，螯合宿主的TFS。使用在线（免费）使用不同的生物信息工具进行分析管道。根据在硅分析中获得的结果，可以假设这些TFS结合基序可能能够解释Zika病毒影响的胎儿/新生儿中的复杂和异质表型呈递，以及成人的严重状况。此外，在硅藻中提出的鉴定了与Zikasph2015菌株对TFBSS（转录因子结合位点）的分布相同的三十三种不同的TFS，可能能够影响生物功能的基因和途径，证实这种方法可以找到疾病发病机制的潜在答案。

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