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A Reliable Label Free Quality Control Method for the Production of DNA Microarrays with Clinical Applications

机译：具有临床应用的DNA微阵列生产的可靠性标记的免费质量控制方法

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摘要

The manufacture of a very high-quality microarray support is essential for the adoption of this assay format in clinical routine. In fact, poorly surface-bound probes can affect the diagnostic sensitivity or, in worst cases, lead to false negative results. Here we report on a reliable and easy quality control method for the evaluation of spotted probe properties in a microarray test, based on the Interferometric Reflectance Imaging Sensor (IRIS) system, a high-resolution label free technique able to evaluate the variation of the mass bound to a surface. In particular, we demonstrated that the IRIS analysis of microarray chips immediately after probe immobilization can detect the absence of probes, which recognizably causes a lack of signal when performing a test, with clinical relevance, using fluorescence detection. Moreover, the use of the IRIS technique allowed also to determine the optimal concentration of the probe, that has to be immobilized on the surface, to maximize the target recognition, thus the signal, but to avoid crowding effects. Finally, through this preliminary quality inspection it is possible to highlight differences in the immobilization chemistries. In particular, we have compared NHS ester versus click chemistry reactions using two different surface coatings, demonstrating that, in the diagnostic case used as an example (colorectal cancer) a higher probe density does not reflect a higher binding signal, probably because of a crowding effect.
机译：制造非常高质量的微阵列支持对于在临床常规中采用这种测定形式至关重要。事实上，表面染色的探针差可能会影响诊断敏感性，或在最糟糕的情况下导致假阴性结果。在这里，我们基于干涉式反射率成像传感器（IRIS）系统，提供了一种可靠且易于的质量控制方法，用于评估微阵列测试中的斑点探头性能，这是一种能够评估质量变化的高分辨率标签绑定到表面。特别地，我们证明探针固定后立即对微阵列芯片的虹膜分析可以检测探针的缺失，其在使用荧光检测时可识别出现临床相关性时缺乏信号。此外，使用虹膜技术也允许确定探针的最佳浓度，必须固定在表面上，以最大化目标识别，从而使信号，而是避免拥挤的效果。最后，通过这种初步质量检查，可以突出固定化学中的差异。特别是，使用两种不同的表面涂层比较NHS酯与点击化学反应，表明，在用作实例（结直肠癌）的诊断情况下，更高的探针密度不反映更高的绑定信号，可能是因为拥挤影响。

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