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SynBiopython: an open-source software library for Synthetic Biology

机译：Synbiopython：合成生物学的开源软件库

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摘要

Advances in hardware automation in synthetic biology laboratories are not yet fully matched by those of their software counterparts. Such automated laboratories, now commonly called biofoundries, require software solutions that would help with many specialized tasks such as batch DNA design, sample and data tracking, and data analysis, among others. Typically, many of the challenges facing biofoundries are shared, yet there is frequent wheel-reinvention where many labs develop similar software solutions in parallel. In this article, we present the first attempt at creating a standardized, open-source Python package. A number of tools will be integrated and developed that we envisage will become the obvious starting point for software development projects within biofoundries globally. Specifically, we describe the current state of available software, present usage scenarios and case studies for common problems, and finally describe plans for future development. SynBiopython is publicly available at the following address: http://synbiopython.org.
机译：合成生物学实验室中的硬件自动化的进步尚未完全匹配他们的软件对应物。此类自动实验室现在通常称为生物福福斯，需要软件解决方案，这些解决方案可以帮助诸如批次DNA设计，样本和数据跟踪等特殊任务，以及数据分析等。通常，共享Biofoughries面临的许多挑战，但是频繁的轮轮恢复，许多实验室并行开发类似的软件解决方案。在本文中，我们介绍了创建标准化开源Python包的第一次尝试。将纳入许多工具，并制定了我们设想将成为全球生物福福中软件开发项目的明显起点。具体而言，我们描述了当前的可用软件状态，呈现使用情况以及常见问题的案例研究，最后描述了未来发展的计划。 Synbiopython在以下地址公开提供：http：//synbiopython.org。

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