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A highly multiplexed droplet digital PCR assay to measure the intact HIV-1 proviral reservoir

机译：高度复用液滴数码PCR测定以测量完整的HIV-1透过储层

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Quantifying the replication-competent HIV reservoir is essential for evaluating curative strategies. Viral outgrowth assays (VOAs) underestimate the reservoir because they fail to induce all replication-competent proviruses. Single- or double-region HIV DNA assays overestimate it because they fail to exclude many defective proviruses. We designed two triplex droplet digital PCR assays, each with 2 unique targets and 1 in common, and normalize the results to PCR-based T cell counts. Both HIV assays are specific, sensitive, and reproducible. Together, they estimate the number of proviruses containing all five primer-probe regions. Our 5-target results are on average 12.1-fold higher than and correlate with paired quantitative VOA (Spearman's ρ = 0.48) but estimate a markedly smaller reservoir than previous DNA assays. In patients on antiretroviral therapy, decay rates in blood CD4+ T cells are faster for intact than for defective proviruses, and intact provirus frequencies are similar in mucosal and circulating T cells.
机译：量化复制竞争性HIV水库对于评估疗法策略至关重要。病毒过度分析（VOA）低估了水库，因为它们未能诱导所有复制主管的潜品。单个或双区域HIV DNA测定值高估它，因为它们未能排除许多缺陷的潜水术。我们设计了两种三重液滴数码PCR测定，每个PCR测定有2个独特的靶标和1个共同，并将结果标准化为基于PCR的T细胞计数。 HIV测定均具有特异性，敏感和可重复的。他们一起估计包含所有五个引物探针区域的潜水术数量。我们的5个目标结果平均高于12.1倍，与配对定量VOA（Spearman'sρ= 0.48）相连，但估计比以前的DNA测定的显着较小的储层。在抗逆转录病毒治疗的患者中，血液CD4 + T细胞中的衰减率比缺陷的潜水术更快，并且完整的潜水频率在粘膜和循环T细胞中类似。

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