• 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 美国卫生研究院文献>Saudi Journal of Biological Sciences >Analysis of chromosomes and nucleotides in rice to predict gene expression through codon usage pattern
【2h】

Analysis of chromosomes and nucleotides in rice to predict gene expression through codon usage pattern

机译：通过密码子使用模式分析水稻中的染色体和核苷酸来预测基因表达

代理获取
本网站仅为用户提供外文OA文献查询和代理获取服务，本网站没有原文。下单后我们将采用程序或人工为您竭诚获取高质量的原文，但由于OA文献来源多样且变更频繁，仍可能出现获取不到、文献不完整或与标题不符等情况，如果获取不到我们将提供退款服务。请知悉。
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

Amino acids are essential measurements for the potential growth stage because of connecting to protein structures and functions. The objective of this paper was to analyze chromosomes feature at plastid region of rice represented by nucleotide, synonymous codon, and amino acid usage to predict gene expression through codon usage pattern. The results showed that the values of the codon adaption index ranged from 0.733 in chromosome 9 to 0.631 in chromosome 8 with full length of these two chromosomes were 3738 and 1635 respectively. The higher value of guanine and cytosine content was 60% in chromosomes 9 while the lower values was 37% in chromosomes 11. Eight chromosomes (ch1, ch2, ch3, ch5, ch7, ch8, ch10, and ch12) were greater value of modified relative codon bias than threshold (threshold: 0.66) especially in cysteine for ch1, ch2, ch5, ch10, and ch12. While other remaining chromosomes were less than the threshold. Relative synonymous codon usage found that the over-represented of amino acids were asparagine, aspartate, cysteine, glutamate, and phenylalanine across all 12 chromosomes. These results would establish a platform for more and further projects concerning rice breeding and genetics and codon optimization in the amino acids for developing varieties. These results also will help breeders to select desirable genes through the genome for improve target traits.
机译：由于与蛋白质结构和功能连接，氨基酸是潜在的生长期的必要测量。本文的目的是分析由核苷酸，同义密码子和氨基酸使用所示的水稻的体积区域的染色体特征，以通过密码子使用模式预测基因表达。结果表明，Codon适应指数的值范围为0.733在染色体8中的染色体8至0.631，具有这两种染色体的全长为3738和1635。染色体9的鸟嘌呤和胞嘧啶含量的较高值为60％，而染色体11的值为37％。八染色体（CH1，CH2，CH3，CH5，CH7，CH8，CH10和CH12）是改性的更大值相对密码子偏置于阈值（阈值：0.66），尤其是CH1，CH2，CH5，CH10和CH12的半胱氨酸。虽然其他剩余的染色体小于阈值。相对同义密码子的用途发现，氨基酸的过度代表是在所有12条染色体上的天冬酰胺，天冬氨酸，半胱氨酸，谷氨酸和苯丙氨酸。这些结果将建立一个越来越多的项目涉及水稻育种和遗传学和密码子优化的平台，用于开发品种的氨基酸。这些结果还将帮助育种者通过基因组选择所需的基因，以改善靶标性状。

著录项

  • 期刊名称 Saudi Journal of Biological Sciences
  • 作者

    Meshal M. Almutairi;

  • 作者单位
  • 年(卷),期 2021(28),8
  • 年度 2021
  • 页码 4569–4574
  • 总页数 6
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种
  • 中图分类 生物学;
  • 关键词

    机译：氨基酸;密码子适应指数（CAI）;相对同义密码子使用（RSCU）;修饰的相对密码子偏置（MRCB）;鸟嘌呤和胞嘧啶含量（GC％）;

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
代理获取

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号