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首页> 美国卫生研究院文献>Journal of Biomolecular Techniques : JBT >Processing RNA-seq Data to Create a Sequence Database for Proteomics Shotgun Data Analysis
【2h】

Processing RNA-seq Data to Create a Sequence Database for Proteomics Shotgun Data Analysis

机译：处理RNA序列数据以创建蛋白质组a弹枪数据分析的序列数据库

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Proteomics sequence search engines used for the routine analysis of proteomics MS/MS datasets can only identify peptides whose sequence is contained in the input sequence database. While most detectable sequences are in the public search databases for well characterized species, there are inevitably some sample-specific sequence variants that are not present in these databases. In order to achieve a more in-depth analysis, there is an emerging workflow that pairs an RNA-seq analysis of a sample with a corresponding proteomic analysis. RNA-seq assisted proteomics analysis holds four potential benefits over conventional analysis of proteomics data on its own: sample-specific single amino acid variants, additional transcript-level sequences, transcript abundance information for use in limiting the proteomic search space, and transcript presence to aid in protein ambiguity resolution. A protocol for processing RNA-seq data into a proteomics-ready sequence database along with various custom and standard tools will be presented. The use of these tools in the context of the production of the sequence databases for the ABRF iPRG 2013 study will be described.
机译：用于蛋白质组学MS / MS数据集常规分析的蛋白质组学序列搜索引擎只能识别其序列包含在输入序列数据库中的肽。尽管大多数可检测到的序列已在公共搜索数据库中找到了特征明确的物种，但这些数据库中不可避免地存在一些样本特异性序列变体。为了实现更深入的分析，出现了一种新兴的工作流程，该工作流程将样品的RNA序列分析与相应的蛋白质组学分析配对在一起。与传统的蛋白质组学数据分析相比，RNA-seq辅助蛋白质组学分析具有四个潜在的好处：特定于样品的单个氨基酸变体，附加的转录水平序列，用于限制蛋白质组学搜索空间的转录本丰度信息以及转录本的存在帮助解决蛋白质歧义问题。将介绍用于将RNA-seq数据处理到蛋白质组学就绪的序列数据库中的协议，以及各种自定义和标准工具。将描述在ABRF iPRG 2​​013研究的序列数据库产生中使用这些工具的情况。

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