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【2h】

Real-Time Analysis of Specific Protein-DNA Interactions with Surface Plasmon Resonance

机译：与表面等离子体共振的特定蛋白质-DNA相互作用的实时分析

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Several proteins, like transcription factors, bind to certain DNA sequences, thereby regulating biochemical pathways that determine the fate of the corresponding cell. Due to these key positions, it is indispensable to analyze protein-DNA interactions and to identify their mode of action. Surface plasmon resonance is a label-free method that facilitates the elucidation of real-time kinetics of biomolecular interactions. In this article, we focus on this biosensor-based method and provide a detailed guide how SPR can be utilized to study binding of proteins to oligonucleotides. After a description of the physical phenomenon and the instrumental realization including fiber-optic-based SPR and SPR imaging, we will continue with a survey of immobilization methods. Subsequently, we will focus on the optimization of the experiment, expose pitfalls, and introduce how data should be analyzed and published. Finally, we summarize several interesting publications of the last decades dealing with protein-DNA and RNA interaction analysis by SPR.
机译：几种蛋白质（如转录因子）与某些DNA序列结合，从而调节决定相应细胞命运的生化途径。由于这些关键位置，分析蛋白质与DNA的相互作用并确定其作用方式是必不可少的。表面等离振子共振是一种无标记的方法，有助于阐明生物分子相互作用的实时动力学。在本文中，我们将重点介绍这种基于生物传感器的方法，并提供详细的指南，说明如何利用SPR研究蛋白质与寡核苷酸的结合。在对物理现象和仪器实现（包括基于光纤的SPR和SPR成像）进行描述之后，我们将继续进行固定方法的调查。随后，我们将着重于实验的优化，暴露陷阱，并介绍如何分析和发布数据。最后，我们总结了最近几十年来有关SPR进行蛋白质-DNA和RNA相互作用分析的有趣出版物。

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