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The Sensitivity of Massively Parallel Sequencing for Detecting Candidate Infectious Agents Associated with Human Tissue

机译：大规模并行测序检测与人类组织相关的候选传染原的敏感性。

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Massively parallel sequencing technology now provides the opportunity to sample the transcriptome of a given tissue comprehensively. Transcripts at only a few copies per cell are readily detectable, allowing the discovery of low abundance viral and bacterial transcripts in human tissue samples. Here we describe an approach for mining large sequence data sets for the presence of microbial sequences. Further, we demonstrate the sensitivity of this approach by sequencing human RNA-seq libraries spiked with decreasing amounts of an RNA-virus. At a modest depth of sequencing, viral transcripts can be detected at frequencies less than 1 in 1,000,000. With current sequencing platforms approaching outputs of one billion reads per run, this is a highly sensitive method for detecting putative infectious agents associated with human tissues.
机译：大规模并行测序技术现在提供了全面采样给定组织的转录组的机会。每个细胞只有几个拷贝的转录本很容易被检测到，从而可以在人体组织样品中发现低丰度的病毒和细菌转录本。在这里，我们描述了一种用于挖掘存在微生物序列的大序列数据集的方法。此外，我们通过对掺入数量减少的RNA病毒的人类RNA-seq文库进行测序，证明了该方法的敏感性。在适度的测序深度下，可以以小于1,000,000分之一的频率检测病毒转录本。当前的测序平台每次运行可达到十亿个读数的输出，这是检测与人体组织相关的推定传染原的高度灵敏的方法。

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