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Genetic diversity and association mapping in the Colombian Central Collection of Solanum tuberosum L. Andigenum group using SNPs markers

机译：利用SNPs标记的哥伦比亚马铃薯中心群体的遗传多样性和关联作图。

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The potato (Solanum tuberosum L.) is the fourth most important crop food in the world and Colombia has one of the most important collections of potato germplasm in the world (the Colombian Central Collection-CCC). Little is known about its potential as a source of genetic diversity for molecular breeding programs. In this study, we analyzed 809 Andigenum group accessions from the CCC using 5968 SNPs to determine: 1) the genetic diversity and population structure of the Andigenum germplasm and 2) the usefulness of this collection to map qualitative traits across the potato genome. The genetic structure analysis based on principal components, cluster analyses, and Bayesian inference revealed that the CCC can be subdivided into two main groups associated with their ploidy level: Phureja (diploid) and Andigena (tetraploid). The Andigena population was more genetically diverse but less genetically substructured than the Phureja population (three vs. five subpopulations, respectively). The association mapping analysis of qualitative morphological data using 4666 SNPs showed 23 markers significantly associated with nine morphological traits. The present study showed that the CCC is a highly diverse germplasm collection genetically and phenotypically, useful to implement association mapping in order to identify genes related to traits of interest and to assist future potato genetic breeding programs.
机译：马铃薯（Solanum tuberosum L.）是世界上第四重要的农作物食品，哥伦比亚拥有世界上最重要的马铃薯种质资源之一（Columbia Central Central-CCC）。关于其作为分子育种计划的遗传多样性来源的潜力知之甚少。在这项研究中，我们使用5968个SNPs分析了来自CCC的809个Andigenum组种，以确定：1）Andigenum种质的遗传多样性和种群结构，以及2）该收藏品在整个马铃薯基因组中定位定性性状的有用性。根据主要成分，聚类分析和贝叶斯推论进行的遗传结构分析表明，CCC可以分为与其倍性水平相关的两个主要组：Phureja（二倍体）和Andigena（四倍体）。与Phureja种群相比，Andigena种群的遗传多样性更高，但遗传亚结构较少（分别为三个亚群和五个亚群）。使用4666个SNP对定性形态学数据进行的关联映射分析显示，有23个标记与9个形态特征显着相关。本研究表明，CCC是遗传和表型上高度多样化的种质集合，可用于实施关联作图，以鉴定与目的性状相关的基因，并有助于将来的马铃薯遗传育种计划。

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