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Complete genome sequence analysis of human echovirus 30 isolated during a large outbreak in Guangdong Province of China in 2012

机译：2012年中国广东省一次大规模暴发中分离出的人类回声病毒30的完整基因组序列分析

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In May and June 2012, an outbreak of aseptic meningitis caused by Echovirus 30 (E30) occurred on a large scale in Luoding, Guangdong Province, China. Our team successfully isolated one subtype, strain 2012EM161, and its complete genome was sequenced. The phylogenetic tree of viral protein (VP) 1 gene sequences showed that the viral isolate was similar to the E30 strain prevalent in Fujian (2011), with identity of 98.05–99.32 % and 98.63–99.32 % for nucleotides and amino acids respectively. Whole genome-based phylogenetic analysis indicated that 2012EM161 contained the most proximate consensus to (Zhejiang, 2003) and FDJS03 (, Jiangsu, 2005), with nucleotide homogeneity of 87.09 % and 86.98 % respectively. The RDP4.16 and Simplot analysis showed that the newly discovered 2012EM161 was probably a recombinant, which was closely related to the strain of E30 () in the first half of the genome and the strain of E6 () in genomic P3 region. The whole genome sequence of 2012EM161 will allow further study of the origin, evolution, and the molecular epidemiology of E30 strains.Electronic supplementary materialThe online version of this article (doi:10.1007/s00705-013-1818-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.
机译：2012年5月和2012年6月，在中国广东省罗定市大规模爆发了由Echovirus 30（E30）引起的无菌性脑膜炎暴发。我们的团队成功分离出一种亚型2012EM161菌株，并对其完整基因组进行了测序。病毒蛋白（VP）1基因序列的系统树表明，该病毒分离株与福建（2011）流行的E30株相似，核苷酸和氨基酸的同一性分别为98.05-99.32％和98.63-99.32％。基于全基因组的系统发育分析表明，2012EM161与（浙江，2003）和FDJS03（，江苏，2005）的同源性最高，核苷酸同源性分别为87.09％和86.98％。 RDP4.16和Simplot分析表明，新发现的2012EM161可能是重组体，与基因组前半部分的E30（）株和基因组P3区的E6（）株密切相关。 2012EM161的全基因组序列将允许进一​​步研究E30菌株的起源，进化和分子流行病学。电子补充材料本文的在线版本（doi：10.1007 / s00705-013-1818-0）包含补充材料，其中适用于授权用户。

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