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The mzqLibrary – An open source Java library supporting the HUPO‐PSI quantitative proteomics standard

机译：mzqLibrary –支持HUPO-PSI定量蛋白质组学标准的开源Java库

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The mzQuantML standard has been developed by the Proteomics Standards Initiative for capturing, archiving and exchanging quantitative proteomic data, derived from mass spectrometry. It is a rich XML‐based format, capable of representing data about two‐dimensional features from LC‐MS data, and peptides, proteins or groups of proteins that have been quantified from multiple samples. In this article we report the development of an open source Java‐based library of routines for mzQuantML, called the mzqLibrary, and associated software for visualising data called the mzqViewer. The mzqLibrary contains routines for mapping (peptide) identifications on quantified features, inference of protein (group)‐level quantification values from peptide‐level values, normalisation and basic statistics for differential expression. These routines can be accessed via the command line, via a Java programming interface access or a basic graphical user interface. The mzqLibrary also contains several file format converters, including import converters (to mzQuantML) from OpenMS, Progenesis LC‐MS and MaxQuant, and exporters (from mzQuantML) to other standards or useful formats (mzTab, HTML, csv). The mzqViewer contains in‐built routines for viewing the tables of data (about features, peptides or proteins), and connects to the R statistical library for more advanced plotting options. The mzqLibrary and mzqViewer packages are available from .
机译：蛋白质组学标准倡议组织已经开发了mzQuantML标准，用于捕获，存档和交换从质谱学中获得的定量蛋白质组学数据。它是一种基于XML的丰富格式，能够表示有关LC-MS数据中二维特征的数据，以及已从多个样品中定量得到的肽，蛋白质或蛋白质组。在本文中，我们报告了mzQuantML的基于Java的开源例程库（称为mzqLibrary）以及用于可视化数据的关联软件mzqViewer的开发。 mzqLibrary包含用于在定量特征上映射（肽）鉴定，从肽水平值推论蛋白质（组）水平定量值，标准化和差异表达基本统计的例程。这些例程可以通过命令行，Java编程界面访问或基本图形用户界面来访问。 mzqLibrary还包含多个文件格式转换器，包括来自OpenMS，Progenesis LC-MS和MaxQuant的导入转换器（到mzQuantML），以及到其他标准或有用格式（mzTab，HTML，csv）的导出器（从mzQuantML）。 mzqViewer包含用于查看数据表（关于特征，肽或蛋白质）的内置例程，并连接到R统计库以获取更高级的绘图选项。可从下载mzqLibrary和mzqViewer软件包。

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