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DARN! A Weighted Constraint Solver for RNA Motif Localization

机译：该死！ RNA基序定位的加权约束求解器

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Following recent discoveries about the important roles of non-coding RNAs (ncRNAs) in the cellular machinery, there is now great interest in identifying new occurrences of ncRNAs in available genomic sequences. In this paper, we show how the problem of finding new occurrences of characterized ncRNAs can be modeled as the problem of finding all locally-optimal solutions of a weighted constraint network using dedicated weighted global constraints, encapsulating pattern-matching algorithms and data structures. This is embodied in DARN!, a software tool for ncRNA localization, which, compared to existing pattern-matching based tools, offers additional expressivity (such as enabling RNA-RNA interactions to be described) and improved specificity (through the exploitation of scores and local optimality) without compromises in CPU efficiency. This is demonstrated on the actual search for tRNAs and H/ACA sRNA on different genomes.
机译：继有关非编码RNA（ncRNA）在细胞机制中的重要作用的最新发现之后，现在人们对在可用的基因组序列中鉴定新出现的ncRNA产生了极大的兴趣。在本文中，我们展示了如何将发现特征性ncRNA的新问题建模为使用专用加权全局约束，封装模式匹配算法和数据结构来找到加权约束网络的所有局部最优解的问题。这体现在用于ncRNA定位的软件工具DARN！中，与现有的基于模式匹配的工具相比，它提供了更高的表达能力（例如，可以描述RNA-RNA相互作用）和提高了特异性（通过利用得分和局部最优）而不会影响CPU效率。实际搜索不同基因组上的tRNA和H / ACA sRNA证明了这一点。

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