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NuGO contributions to GenePattern

机译：NuGO对GenePattern的贡献

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NuGO, the European Nutrigenomics Organization, utilizes 31 powerful computers for, e.g., data storage and analysis. These so-called black boxes (NBXses) are located at the sites of different partners. NuGO decided to use GenePattern as the preferred genomic analysis tool on each NBX. To handle the custom made Affymetrix NuGO arrays, new NuGO modules are added to GenePattern. These NuGO modules execute the latest Bioconductor version ensuring up-to-date annotations and access to the latest scientific developments. The following GenePattern modules are provided by NuGO: NuGOArrayQualityAnalysis for comprehensive quality control, NuGOExpressionFileCreator for import and normalization of data, LimmaAnalysis for identification of differentially expressed genes, TopGoAnalysis for calculation of GO enrichment, and GetResultForGo for retrieval of information on genes associated with specific GO terms. All together, these NuGO modules allow comprehensive, up-to-date, and user friendly analysis of Affymetrix data. A special feature of the NuGO modules is that for analysis they allow the use of either the standard Affymetrix or the MBNI custom CDF-files, which remap probes based on current knowledge. In both cases a .chip-file is created to enable GSEA analysis. The NuGO GenePattern installations are distributed as binary Ubuntu (.deb) packages via the NuGO repository.
机译：欧洲营养基因组学组织NuGO利用31台功能强大的计算机进行数据存储和分析。这些所谓的黑匣子（NBXses）位于不同伙伴的站点。 NuGO决定在每个NBX上使用GenePattern作为首选的基因组分析工具。为了处理定制的Affymetrix NuGO阵列，新的NuGO模块已添加到GenePattern。这些NuGO模块执行最新的Bioconductor版本，以确保最新注释和最新科学进展。 NuGO提供以下GenePattern模块：用于全面质量控制的NuGOArrayQualityAnalysis，用于数据导入和标准化的NuGOExpressionFileCreator，用于识别差异表达基因的LimmaAnalysis，用于GO富集计算的TopGoAnalysis和用于检索与特定GO相关基因信息的GetResultForGo条款。总之，这些NuGO模块可对Affymetrix数据进行全面，最新且用户友好的分析。 NuGO模块的一个特殊功能是用于分析，它们允许使用标准Affymetrix或MBNI定制CDF文件，它们会根据当前知识重新映射探针。在这两种情况下，都会创建一个.chip文件来启用GSEA分析。 NuGO GenePattern安装通过NuGO存储库以二进制Ubuntu（.deb）软件包的形式分发。

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