Avoiding pitfalls in gene (co)expression meta-analysis

Gabriel Ouml; stlund; Erik L.L. Sonnhammer

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Avoiding pitfalls in gene (co)expression meta-analysis

机译：避免基因（共）表达荟萃分析中的陷阱

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Differentialgeneexpressionanalysisbetweenhealthyanddiseasedgroupsisawidelyusedapproachtounderstandthemolecularunderpinningsofdisease.Awidevarietyofexperimentalandbioinformaticstechniquesareavailableforthistypeofanalysis,yettheirimpactonthereliabilityoftheresultshasnotbeensystematicallystudied./ppid="sp0010"Weperformedalargescalecomparativeanalysisofclinicalexpressiondata,usingseveralbackgroundcorrectionsanddifferentialexpressionmetrics.Theagreementbetweenstudieswasanalyzedforstudypairsofsamecancertype,ofdifferentcancertypes,andbetweencancerandnon-cancerstudies.Wealsoreplicatedtheanalysisusingdifferentialemcoexpression/em./ppid="sp0015"Wefoundthatagreementofdifferentialexpressionisprimarilydictatedbythemicroarrayplatform,whiledifferentialcoexpressionrequireslargesamplesizes.Twostudiesusingdifferentdifferentialexpressionmetricsmayshownoagreement,eveniftheyagreestronglyusingthesamemetric.Ouranalysisprovidespracticalrecommendationsforgene(co)expressionanalysis./p/div

机译：Differentialgeneexpressionanalysisbetweenhealthyanddiseasedgroupsisawidelyusedapproachtounderstandthemolecularunderpinningsofdisease.Awidevarietyofexperimentalandbioinformaticstechniquesareavailableforthistypeofanalysis，yettheirimpactonthereliabilityoftheresultshasnotbeensystematicallystudied。 Weperformedalargescalecomparativeanalysisofclinicalexpressiondata，usingseveralbackgroundcorrectionsanddifferentialexpressionmetrics.Theagreementbetweenstudieswasanalyzedforstudypairsofsamecancertype，ofdifferentcancertypes，andbetweencancerandnon-cancerstudies.Wealsoreplicatedtheanalysisusingdifferential 共表达我们发现差异表达的共识主要是由微阵列平台决定的，而差异共表达需要较大的样本量。两项使用不同差异表达度量的研究可能表明没有共识，即使他们强烈同意使用相同度量。 展开▼

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来源
《Genomics》 |2014年第1期|共页

作者
Gabriel Ouml; stlund; Erik L.L. Sonnhammer;
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作者单位

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正文语种

中图分类医学遗传学;

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1. Bench-to-bedside review: Avoiding pitfalls in critical care meta-analysis - funnel plots, risk estimates, types of heterogeneity, baseline risk and the ecologic fallacy. [J] . Angus DC Critical care : . 2008,第4期

机译：逐岗位审查：避免在重症监护室荟萃分析中陷入陷阱-漏斗图，风险估计，异质性类型，基线风险和生态学谬误。

2. Bench-to-bedside review: Avoiding pitfalls in critical care meta-analysis – funnel plots, risk estimates, types of heterogeneity, baseline risk and the ecologic fallacy [J] . Michael C Reade, Anthony Delaney, Michael J Bailey, Critical care : . 2008,第4期

机译：逐岗位审查：避免重症监护室荟萃分析中的陷阱–漏斗图，风险估计，异质性类型，基线风险和生态学谬误

3. Avoiding pitfalls in gene (co)expression meta-analysis. [J] . Gabriel Ostlund, Erik L L Sonnhammer Genomics . 2014,第1期

机译：避免基因（共）表达荟萃分析中的陷阱。

4. To Avoid the Pitfall of Missing Labels in Feature Selection: A Generative Model Gives the Answer [C] . Yuanyuan Xu, Jun Wang, Jinmao Wei AAAI Conference on Artificial Intelligence . 2020

机译：要避免特征选择中缺少标签的缺陷：生成模型给出了答案

5. Comprehensive Protection for Dynamically-typed Languages: Avoiding the Pitfalls of Language-level Sandboxing [D] . Park, Taemin. 2020

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6. Bench-to-bedside review: Avoiding pitfalls in critical care meta-analysis – funnel plots risk estimates types of heterogeneity baseline risk and the ecologic fallacy [O] . Michael C Reade, Anthony Delaney, Michael J Bailey, 2008

机译：逐位检查：避免在重症监护室荟萃分析中陷入陷阱–漏斗图风险估计异质性类型基准线风险和生态谬误

7. Avoiding pitfalls in gene (co)expression meta-analysis [O] . Östlund Gabriel, Sonnhammer Erik L.L. 2014

机译：避免基因（共）表达荟萃分析中的陷阱

1. 哈萨克族食管癌中survivin基因启动子区CpG岛及全基因共构建真核表达载体 [J] . 刘玲 ,张丽萍 ,陈艳 . 新疆医科大学学报 . 2010,第007期

2. 长链非编码小核仁RNA宿主基因的表达与胃癌患者预后关系的荟萃分析 [J] . 程显斌 ,向新 ,盖保东 . 中华内分泌外科杂志 . 2020,第006期

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4. 用“增强子陷阱”技术构造并筛选果蝇UAS／GAL4系统中GALA新品系及脑基因表达图谱数据库的开发 [J] . 刘晓隽 ,袁小京 ,孙侃 . 中国学术期刊文摘 . 2008,第019期

5. 用"增强子陷阱"技术构造并筛选果蝇UAS/GAL4系统中GAL4新品系及脑基因表达图谱数据库的开发 [J] . 刘晓隽 ,吕玉兵 ,王连章 . 生物化学与生物物理进展 . 2008,第006期

6. 纳米银/PLGA共涂层促种植体骨整合过程LncRNA-mRNA共表达分析与靶基因的预测 [C] . 刘毅 ,曾雪敏 ,刘东旭 . 2017中国生物材料大会 . 2017

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1. CmEF1α基因和CmRAN基因在甜瓜果实基因表达分析中作为内参基因的应用 [P] . 中国专利： CN104357564B . 2016.08.24

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3. method and device for avoiding the pitfalls and disparities or erroneous answers in ffi systems [P] . 外国专利： DE60229999D1 . 2009-01-08

机译：避免ffi系统中的陷阱和差异或错误答案的方法和装置

4. method and device for avoiding the pitfalls and disparities or erroneous answers in ffi systems [P] . 外国专利： AT415639T . 2008-12-15

机译：避免ffi系统中的陷阱和差异或错误答案的方法和装置

5. gene expression construct, gene expression system, variance of a gene expression system, process for increasing expression or enhancing the translational activity of a sequence derived from a rna-2 genome segment of a bipartite virus, methods to express a protein of interest in a host organism, to improve translation of a heterologous protein of interest from a gene or open reading frame, to express a protein gene expression construct, gene expression system, variation of a system Gene Expression, A Process for Increasing Expression or Improving the Translational Activity of a Sequence Derived from a Rna-2 Genome Segment of a Bipartite Virus, Methods for Expressing a Protein of Interest in a Host Organism, to Improve Translation of a protein of heterologous interest of an open reading frame or gene to express a protein in a plant and plant to generate a protein of interest, and host organism [P] . 外国专利： BRPI0906509A2 . 2015-12-01

机译：基因表达构建体，基因表达系统，基因表达系统的变异，增加表达或增强源自二分病毒的rna-2基因组片段的序列的翻译活性的过程，在宿主中表达目的蛋白的方法生物体，以改善来自基因或开放阅读框的目的异源蛋白质的翻译，以表达蛋白质基因表达构建体，基因表达系统，系统的变体基因表达，增加表达或改善其翻译活性的过程源自二分病毒的Rna-2基因组片段的序列，用于在宿主生物中表达目标蛋白质的方法，以改善开放阅读框或基因的异源目标蛋白质在植物中表达该蛋白质的方法，以及植物产生目的蛋白和宿主生物

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