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Calculation of 3D genome structures for comparison of chromosome conformation capture experiments with microscopy: An evaluation of single-cell Hi-C protocols

机译：计算3D基因组结构以通过显微镜比较染色体构象捕获实验：单细胞Hi-C方案的评估

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Single-cell chromosome conformation capture approaches are revealing the extent of cell-to-cell variability in the organization and packaging of genomes. These single-cell methods, unlike their multi-cell counterparts, allow straightforward computation of realistic chromosome conformations that may be compared and combined with other, independent, techniques to study 3D structure. Here we discuss how single-cell Hi-C and subsequent 3D genome structure determination allows comparison with data from microscopy. We then carry out a systematic evaluation of recently published single-cell Hi-C datasets to establish a computational approach for the evaluation of single-cell Hi-C protocols. We show that the calculation of genome structures provides a useful tool for assessing the quality of single-cell Hi-C data because it requires a self-consistent network of interactions, relating to the underlying 3D conformation, with few errors, as well as sufficient longer-range cis- and trans-chromosomal contacts.
机译：单细胞染色体构象捕获方法揭示了基因组的组织和包装中细胞间差异的程度。这些单细胞方法与多细胞方法不同，可以直接计算出现实的染色体构象，可以将其与其他独立技术进行比较并结合起来，以研究3D结构。在这里，我们讨论单细胞Hi-C和随后的3D基因组结构确定如何与显微镜数据进行比较。然后，我们对最近发布的单细胞Hi-C数据集进行系统的评估，以建立一种评估单细胞Hi-C协议的计算方法。我们表明，基因组结构的计算为评估单细胞Hi-C数据的质量提供了有用的工具，因为它需要相互作用的自洽网络，与基础3D构象有关，几乎没有错误，并且足够更长距离的顺式和反式染色体接触。

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