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首页> 外文期刊>Revista Cubana de Investigaciones Biom??dicas >Caracterización de cepas cubanas de VIH-1 por ensayos biológicos y métodos bioinformáticos
【24h】

Caracterización de cepas cubanas de VIH-1 por ensayos biológicos y métodos bioinformáticos

机译：通过生物学分析和生物信息学方法表征古巴HIV-1菌株

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Mediante ensayos biológicos clásicos se ha podido determinar el uso del correceptor por las cepas de VIH-1, las cuales se han clasificado en R5, X4 o R5/X4, características que guardan relación con el fenotipo NIS o IS y con la evolución clínica. Por métodos bioinformáticos se han relacionado cambios aminoacídicos en la región del lazo V3 del env con el uso del correceptor. En este trabajo se presentan los resultados del estudio de caracterización de once cepas provenientes de individuos infectados con VIH-1, cinco de ellos seropositivos asintomáticos y seis progresores rápidos al SIDA. Se compararon los resultados del estudio fenotípico realizado por dos ensayos biológicos clásicos, uso de correceptores y capacidad de inducir sincicios en MT2 y tres métodos bioinformáticos, regla 11/25, matrices de puntos en posiciones específicas (PSSM) y el programa geno2pheno. Las cinco cepas de seropositivos asintomáticos coincidieron por todos los métodos como R5/NIS. Cinco de las seis cepas de progresores rápidos se clasificaron R5/X4 e IS por los ensayos biológicos; mientras dos clasificaron R5/X4 por Geno 2 Pheno, una por PSSM y todas fueron X4 puras por la regla 11/25. Los ensayos utilizados en el estudio permitieron caracterizar las cepas aisladas y relacionar el fenotipo con la evolución de la infección, por lo que valoramos que por ensayos biológicos o métodos bioinformáticas se pueden hacer estudios de caracterización, su utilidad está en dependencia del objetivo que se persiga.
机译：通过经典的生物学测试，可以确定HIV-1菌株对共受体的使用，该菌株被分类为R5，X4或R5 / X4，其特征与NIS或IS表型以及临床发展有关。通过生物信息学方法，env V3环区域的氨基酸变化与使用共受体有关。在这项工作中，展示了对11株来自HIV-1感染者的菌株进行表征研究的结果，其中5株无症状血清阳性，而6株艾滋病快速进展者。表型研究的结果是通过两个经典生物学测试，使用共受体和在MT2中诱导合胞体的能力以及三种生物信息学方法，11/25规则，点特异性矩阵（PSSM）和geno2pheno程序进行的。五种无症状的血清阳性菌株可通过所有方法（例如R5 / NIS）进行匹配。通过生物学测试将六种快速进展菌株中的五种分类为R5 / X4和IS。而根据Geno 2 Pheno，有两个分类为R5 / X4，一个是通过PSSM分类的，根据11/25规则，所有分类均为X4。研究中使用的测试使得表征分离的菌株并将表型与感染的演变联系起来成为可能，因此我们重视可以通过生物学测试或生物信息学方法进行表征研究，其有用性取决于所追求的目标。 。

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