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首页> 外文期刊>PLoS Genetics >Microarray Profiling of Phage-Display Selections for Rapid Mapping of Transcription Factor–DNA Interactions
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Microarray Profiling of Phage-Display Selections for Rapid Mapping of Transcription Factor–DNA Interactions

机译：噬菌体显示选择的微阵列分析，可快速定位转录因子-DNA相互作用

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Modern computational methods are revealing putative transcription-factor (TF) binding sites at an extraordinary rate. However, the major challenge in studying transcriptional networks is to map these regulatory element predictions to the protein transcription factors that bind them. We have developed a microarray-based profiling of phage-display selection (MaPS) strategy that allows rapid and global survey of an organism's proteome for sequence-specific interactions with such putative DNA regulatory elements. Application to a variety of known yeast TF binding sites successfully identified the cognate TF from the background of a complex whole-proteome library. These factors contain DNA-binding domains from diverse families, including Myb, TEA, MADS box, and C2H2 zinc-finger. Using MaPS, we identified Dot6 as a trans-active partner of the long-predicted orphan yeast element Polymerase A & C (PAC). MaPS technology should enable rapid and proteome-scale study of bi-molecular interactions within transcriptional networks.
机译：现代的计算方法正以惊人的速度揭示假定的转录因子（TF）结合位点。但是，研究转录网络的主要挑战是将这些调控元件的预测图谱与结合它们的蛋白质转录因子进行映射。我们已经开发了一种基于微阵列的噬菌体展示选择（MaPS）策略分析，可对生物体的蛋白质组进行快速，全面的调查，以了解与此类推定的DNA调控元件的序列特异性相互作用。应用于各种已知酵母TF结合位点可从复杂的完整蛋白质组库的背景中成功鉴定出同源TF。这些因子包含来自不同家族的DNA结合结构域，包括Myb，TEA，MADS盒和C2H2锌指。使用MaPS，我们将Dot6鉴定为长期孤立的酵母菌元素聚合酶A和C（PAC）的反式伴侣。 MaPS技术应该能够快速和蛋白质组规模地研究转录网络内的双分子相互作用。

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