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The Abundance of Short Proteins in the Mammalian Proteome

机译：哺乳动物蛋白质组中短蛋白的丰度

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Short proteins play key roles in cell signalling and other processes, but their abundance in the mammalian proteome is unknown. Current catalogues of mammalian proteins exhibit an artefactual discontinuity at a length of 100 aa, so that protein abundance peaks just above this length and falls off sharply below it. To clarify the abundance of short proteins, we identify proteins in the FANTOM collection of mouse cDNAs by analysing synonymous and non-synonymous substitutions with the computer program CRITICA. This analysis confirms that there is no real discontinuity at length 100. Roughly 10% of mouse proteins are shorter than 100 aa, although the majority of these are variants of proteins longer than 100 aa. We identify many novel short proteins, including a “dark matter” subset containing ones that lack detectable homology to other known proteins. Translation assays confirm that some of these novel proteins can be translated and localised to the secretory pathway.
机译：短蛋白在细胞信号转导和其他过程中起着关键作用，但在哺乳动物蛋白质组中它们的丰度尚不清楚。当前的哺乳动物蛋白质目录在100 aa的长度处显示出人工假体间断，因此蛋白质丰度刚好在该长度以上达到峰值，而在该长度以下急剧下降。为了阐明短蛋白的丰富性，我们通过使用计算机程序CRITICA分析同义和非同义替代来鉴定FANTOM小鼠cDNA中的蛋白。该分析证实长度为100时没有真正的间断。大约10％的小鼠蛋白质短于100 aa，尽管其中大多数是蛋白质长于100 aa的变体。我们鉴定出许多新颖的短蛋白，包括一个“暗物质”子集，其中包含与其他已知蛋白缺乏可检测同源性的子集。翻译测定证实，这些新蛋白中的某些可以被翻译并定位于分泌途径。

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