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【24h】

Choosing a genome browser for a Model Organism Database: surveying the Maize community

机译：为模型有机体数据库选择基因组浏览器：调查玉米社区

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As the B73 maize genome sequencing project neared completion, MaizeGDB began to integrate a graphical genome browser with its existing web interface and database. To ensure that maize researchers would optimally benefit from the potential addition of a genome browser to the existing MaizeGDB resource, personnel at MaizeGDB surveyed researchers' needs. Collected data indicate that existing genome browsers for maize were inadequate and suggest implementation of a browser with quick interface and intuitive tools would meet most researchers' needs. Here, we document the survey's outcomes, review functionalities of available genome browser software platforms and offer our rationale for choosing the GBrowse software suite for MaizeGDB. Because the genome as represented within the MaizeGDB Genome Browser is tied to detailed phenotypic data, molecular marker information, available stocks, etc., the MaizeGDB Genome Browser represents a novel mechanism by which the researchers can leverage maize sequence information toward crop improvement directly. Database URL: http://gbrowse.maizegdb.org/
机译：随着B73玉米基因组测序项目接近完成，MaizeGDB开始将图形化的基因组浏览器与其现有的Web界面和数据库相集成。为了确保玉米研究人员从潜在的基因组浏览器添加到现有的MaizeGDB资源中获得最佳利益，MaizeGDB的人员对研究人员的需求进行了调查。收集的数据表明，现有的玉米基因组浏览器不足，并建议使用具有快速界面和直观工具的浏览器来满足大多数研究人员的需求。在这里，我们记录了调查的结果，审查了可用的基因组浏览器软件平台的功能，并提供了为MaizeGDB选择GBrowse软件套件的理由。由于MaizeGDB基因组浏览器中代表的基因组与详细的表型数据，分子标记信息，可用库存等相关，因此MaizeGDB基因组浏览器代表了一种新颖的机制，研究人员可利用该机制直接利用玉米序列信息来改善作物。数据库网址：http://gbrowse.maizegdb.org/

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