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Transcripts within rod photoreceptors of the Zebrafish retina

机译:斑马鱼视网膜杆感光器内的转录本。

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摘要

The purpose of this study was to identify transcripts of retinal rod photoreceptors of the zebrafish. The zebrafish is an important animal model for vision science due to rapid and tractable development, persistent neurogenesis of rods throughout the lifespan, and capacity for functional retinal regeneration. Zebrafish rods, and non-rod retinal cells of the xops:eGFP transgenic line, were separated by cell dissociation and fluorescence-activated cell sorting (FACS), followed by RNA-seq. At a false discovery rate of
机译:本研究的目的是鉴定斑马鱼视网膜视杆感光细胞的转录本。斑马鱼是视觉科学的重要动物模型,这是由于其快速且易处理的发育,杆在整个生命周期中持续的神经发生以及视网膜功能性再生的能力。通过细胞解离和荧光激活细胞分选(FACS)分离出xops:eGFP转基因品系的斑马鱼杆和非杆视网膜细胞,然后进行RNA测序。假发现率<?0.01,视杆相对于其他视网膜细胞的597个转录物被上调(“富集”),而1032的转录本被下调(“耗竭”)。在标尺中检测到13,234个总成绩单,包括许多以前未知的标尺表达。通过qPCR在FACS分选的棒与其他视网膜细胞中验证了45个转录本。从成年视网膜的杆中富集的转录物也从幼虫和少年视网膜的杆中富集,并且还从经历神经毒性病变的视网膜中分选的杆中富集并使其再生。与斑马鱼模型的杆退化相比,野生型视网膜的视网膜中许多富含杆的转录物上调。我们报告了描述斑马鱼杆转录组的RNA-seq数据集的生成和验证,该数据集现在可作为进一步研究杆感光细胞生物学和比较转录组学的资源。

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