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首页> 外文期刊>Molecular and Cellular Biology >Multifactorial Interplay Controls the Splicing Profile of Alu-Derived Exons
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Multifactorial Interplay Controls the Splicing Profile of Alu-Derived Exons

机译：多因素相互作用控制铝衍生外显子的剪接谱

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Exonization of Alu elements creates primate-specific genomic diversity. Here we combine bioinformatic and experimental methodologies to reconstruct the molecular changes leading to exon selection. Our analyses revealed an intricate network involved in Alu exonization. A typical Alu element contains multiple sites with the potential to serve as 5′ splice sites (5′ss). First, we demonstrated the role of 5′ss strength in controlling exonization events. Second, we found that a cryptic 5′ss enhances the selection of a more upstream site and demonstrate that this is mediated by binding of U1 snRNA to the cryptic splice site, challenging the traditional role attributed to U1 snRNA of binding the 5′ss only. Third, we used a simple algorithm to identify specific sequences that determine splice site selection within specific Alu exons. Finally, by inserting identical exons within different sequences, we demonstrated the importance of flanking genomic sequences in determining whether an Alu exon will undergo exonization. Overall, our results demonstrate the complex interplay between at least four interacting layers that affect Alu exonization. These results shed light on the mechanism through which Alu elements enrich the primate transcriptome and allow a better understanding of the exonization process in general.
机译： Alu 元素的外显子化产生了灵长类特定的基因组多样性。在这里，我们结合生物信息学和实验方法，以重构导致外显子选择的分子变化。我们的分析揭示了参与 Alu 外显子化的复杂网络。典型的 Alu 元素包含多个位点，有可能充当5'剪接位点（5'ss）。首先，我们证明了5的强度在控制外显子事件中的作用。其次，我们发现隐含的5'ss增强了更多上游位点的选择，并证明这是由U1 snRNA与隐秘剪接位点的结合介导的，挑战了归因于U1 snRNA仅结合5'ss的传统作用。 。第三，我们使用一种简单的算法来识别确定特定 Alu 外显子内剪接位点选择的特定序列。最后，通过在不同序列中插入相同的外显子，我们证明了侧翼基因组序列在确定 Alu 外显子是否将经历外显子化的重要性。总体而言，我们的结果表明，至少四个相互作用的层之间的复杂相互作用会影响 Alu 外显子化。这些结果阐明了 Alu 元素丰富灵长类转录组的机制，并总体上使人们更好地理解了外显子化过程。

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