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iELM—a web server to explore short linear motif-mediated interactions

机译：iELM-用于研究短线性主题介导的相互作用的Web服务器

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The recent expansion in our knowledge of protein–protein interactions (PPIs) has allowed the annotation and prediction of hundreds of thousands of interactions. However, the function of many of these interactions remains elusive. The interactions of Eukaryotic Linear Motif (iELM) web server provides a resource for predicting the function and positional interface for a subset of interactions mediated by short linear motifs (SLiMs). The iELM prediction algorithm is based on the annotated SLiM classes from the Eukaryotic Linear Motif (ELM) resource and allows users to explore both annotated and user-generated PPI networks for SLiM-mediated interactions. By incorporating the annotated information from the ELM resource, iELM provides functional details of PPIs. This can be used in proteomic analysis, for example, to infer whether an interaction promotes complex formation or degradation. Furthermore, details of the molecular interface of the SLiM-mediated interactions are also predicted. This information is displayed in a fully searchable table, as well as graphically with the modular architecture of the participating proteins extracted from the UniProt and Phospho.ELM resources. A network figure is also presented to aid the interpretation of results. The iELM server supports single protein queries as well as large-scale proteomic submissions and is freely available at http://i.elm.eu.org.
机译：我们对蛋白质间相互作用（PPI）的了解的最新扩展使注释和预测了数十万种相互作用成为可能。但是，许多这些交互作用的功能仍然难以捉摸。真核线性基元（iELM）Web服务器的交互提供了一种资源，用于预测由短线性基序（SLiM）介导的交互子集的功能和位置接口。 iELM预测算法基于来自真核线性基元（ELM）资源的带注释的SLiM类，并允许用户探索带注释的和用户生成的PPI网络以进行SLiM介导的交互作用。通过合并来自ELM资源的注释信息，iELM提供了PPI的功能细节。例如，这可以用于蛋白质组学分析，以推断相互作用是促进复合物的形成还是降解。此外，还预测了SLiM介导的相互作用的分子界面的细节。此信息显示在一个完全可搜索的表格中，并且以图形方式显示从UniProt和Phospho.ELM资源提取的参与蛋白质的模块化体系结构。还提供了一个网络图形，以帮助解释结果。 iELM服务器支持单一蛋白质查询以及大规模蛋白质组学提交，可从http://i.elm.eu.org免费获得。

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