Multispacer Typing Technique for Sequence-Based Typing of Bartonella quintana

C. Foucault; B. La Scola; H. Lindroos; S. G. E. Andersson; D. Raoult

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Multispacer Typing Technique for Sequence-Based Typing of Bartonella quintana

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Bartonella quintana is a worldwide fastidious bacterium of the Alphaproteobacteria responsible for bacillary angiomatosis, trench fever, chronic lymphadenopathy, and culture-negative endocarditis. The recent genome sequencing of a B. quintana isolate allowed us to propose a genome-wide sequence-based typing method. To ensure sequence discrimination based on highly polymorphic areas, we amplified and sequenced 34 spacers in a large collection of B. quintana isolates. Six of these exhibited polymorphisms and allowed the characterization of 4 genotypes. However, the strain variants suggested by the noncoding sequences did not correlate with the results of pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), which suggested a higher degree of variability. Modification of the PFGE profile of one isolate after nine subcultures confirmed that rearrangement frequencies are high in this species, making PFGE unreliable for epidemiological purposes. The low extent of sequence heterogeneity in the species suggests a recent emergence of this bacterium as a human pathogen. Direct typing of natural samples allowed the identification of a fifth genotype in the DNA extracted from a human body louse collected in Burundi. We have named the typing technique herein described multispacer typing.

机译： Bartonella quintana 是一种全球性的Alteproteobacteria细菌，负责细菌性血管瘤病，沟槽热，慢性淋巴结病和培养阴性心内膜炎。 B的最新基因组测序。 quintana 隔离体使我们能够提出基于全基因组序列的分型方法。为确保基于高度多态性区域的序列区分，我们在大量的 B中扩增了34个间隔子并对其进行了测序。金塔纳菌分离株。其中六个表现出多态性，并允许表征4个基因型。但是，非编码序列提示的菌株变异与脉冲场凝胶电泳（PFGE）的结果不相关，这表明变异性较高。经过九次亚培养后，对一个分离株的PFGE谱图进行了修改，证实该物种的重排频率很高，使得PFGE不能用于流行病学研究。该物种中较低程度的序列异质性表明该细菌最近作为人类病原体出现。直接分类天然样品可以鉴定出从布隆迪收集的人虱中提取的DNA中的第五种基因型。我们已经命名了此处描述的多空格键入的键入技术。 展开▼

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来源
《Journal of Clinical Microbiology》 |2005年第1期|共8页

作者
C. Foucault; B. La Scola; H. Lindroos; S. G. E. Andersson; D. Raoult;
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正文语种

中图分类医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）;

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