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Diversity within the VP4 Gene of Rotavirus P[8] Strains: Implications for Reverse Transcription-PCR Genotyping

机译:轮状病毒P [8]株VP4基因内的多样性:对逆转录PCR PCR基因分型的影响。

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摘要

A degenerate version (1T1-D) of the rotavirus P[8]-specific primer (1T-1) allowed strains previously untypeable due to the accumulation of point mutations at the primer binding site to be P typed by reverse transcription-PCR. Sequencing of the cDNA followed by sequence alignment and phylogenetic analysis identified lineages and sublineages within the rotavirus P[8] types, while the use of 1T-1 or 1T-1D primers did not yield viral clusters in any particular lineage.
机译:轮状病毒P [8]-特异性引物(1T-1)的简并版本(1T1-D)允许以前无法分型的菌株,因为在引物结合位点上积累了点突变,因此可以通过逆转录PCR进行P型分型。 cDNA测序,随后进行序列比对和系统进化分析,确定了轮状病毒P [8]类型内的谱系和亚谱系,而使用1T-1或1T-1D引物在任何特定谱系中均未产生病毒簇。

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