Highly Discriminatory Variable-Number Tandem-Repeat Markers for Genotyping of Trichophyton interdigitale Strains

Ines Drira; Ines Hadrich; Sourour Neji; Nedia Mahfouth; Houaida Trabelsi; Hayet Sellami; Fattouma Makni; Ali Ayadi

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Highly Discriminatory Variable-Number Tandem-Repeat Markers for Genotyping of Trichophyton interdigitale Strains

机译：叉毛癣菌菌株基因分型的高判别性可变数目串联重复标记。

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Trichophyton interdigitale is the second most frequent cause of superficial fungal infections of various parts of the human body. Studying the population structure and genotype differentiation of T. interdigitale strains may lead to significant improvements in clinical practice. The present study aimed to develop and select suitable variable-number tandem-repeat (VNTR) markers for 92 clinical strains of T. interdigitale. On the basis of an analysis of four VNTR markers, four to eight distinct alleles were detected for each marker. The marker with the highest discriminatory power had eight alleles and a D value of 0.802. The combination of all four markers yielded a D value of 0.969 with 29 distinct multilocus genotypes. VNTR typing revealed the genetic diversity of the strains, identifying three populations according to their colonization sites. A correlation between phenotypic characteristics and multilocus genotypes was observed. Seven patients harbored T. interdigitale strains with different genotypes. Typing of clinical T. interdigitale samples by VNTR markers displayed excellent discriminatory power and 100% reproducibility.

机译：叉毛癣菌是人体各部位浅表真菌感染的第二大最常见原因。研究叉指线虫菌株的种群结构和基因型分化可能会导致临床实践的显着改善。本研究旨在开发和选择合适的可变数目的串联重复（VNTR）标记，用于92株叉指T的临床菌株。在分析四个VNTR标记的基础上，每个标记检测到4至8个不同的等位基因。具有最高区分能力的标记具有八个等位基因， D 值为0.802。所有四种标记的组合产生的 D 值为0.969，具有29种不同的多基因座基因型。 VNTR分型揭示了该菌株的遗传多样性，根据其定殖位点鉴定了三个种群。表型特征和多基因座基因型之间的相关性被观察到。七名患者携带不同基因型的叉指间菌株。用VNTR标记对临床指状衣指间标本进行分型显示出出色的鉴别能力和100％可重复性。 展开▼

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来源
《Journal of Clinical Microbiology》 |2014年第9期|共7页

作者
Ines Drira; Ines Hadrich; Sourour Neji; Nedia Mahfouth; Houaida Trabelsi; Hayet Sellami; Fattouma Makni; Ali Ayadi;
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正文语种

中图分类医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）;

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