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ORION: a web server for protein fold recognition and structure prediction using evolutionary hybrid profiles

机译：ORION：使用进化混合图谱进行蛋白质折叠识别和结构预测的网络服务器

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Protein structure prediction based on comparative modeling is the most efficient way to produce structural models when it can be performed. ORION is a dedicated webserver based on a new strategy that performs this task. The identification by ORION of suitable templates is performed using an original profile-profile approach that combines sequence and structure evolution information. Structure evolution information is encoded into profiles using structural features, such as solvent accessibility and local conformation -with Protein Blocks-, which give an accurate description of the local protein structure. ORION has recently been improved, increasing by 5% the quality of its results. The ORION web server accepts a single protein sequence as input and searches homologous protein structures within minutes. Various databases such as PDB, SCOP and HOMSTRAD can be mined to find an appropriate structural template. For the modeling step, a protein 3D structure can be directly obtained from the selected template by MODELLER and displayed with global and local quality model estimation measures. The sequence and the predicted structure of 4 examples from the CAMEO server and a recent CASP11 target from the 'Hard' category (T0818-D1) are shown as pertinent examples. Our web server is accessible at http://www.dsimb.inserm.fr/ORION/.
机译：基于比较建模的蛋白质结构预测是可以执行时产生结构模型的最有效方法。 ORION是基于执行此任务的新策略的专用Web服务器。通过ORION识别合适的模板是使用结合了序列和结构进化信息的原始配置文件-配置文件方法执行的。利用结构特征（例如，溶剂可及性和带有蛋白质块的局部构象）将结构进化信息编码为特征，可准确描述局部蛋白质结构。 ORION最近得到了改进，其结果质量提高了5％。 ORION Web服务器接受单个蛋白质序列作为输入，并在几分钟内搜索同源蛋白质结构。可以挖掘各种数据库，例如PDB，SCOP和HOMSTRAD，以找到合适的结构模板。对于建模步骤，可以通过MODELLER从选定的模板直接获得蛋白质3D结构，并以全局和局部质量模型估计量显示。相关示例显示了来自CAMEO服务器的4个示例的序列和预测结构以及来自“难”类别（T0818-D1）的近期CASP11目标。我们的Web服务器可从http://www.dsimb.inserm.fr/ORION/访问。

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