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【24h】

BE-FLARE: a fluorescent reporter of base editing activity reveals editing characteristics of APOBEC3A and APOBEC3B

机译：BE-FLARE：基本编辑活动的荧光记者揭示了APOBEC3A和APOBEC3B的编辑特征

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Base Editing is a precise genome editing method that uses a deaminase-Cas9 fusion protein to mutate cytidine to thymidine in target DNA in situ without the generation of a double-strand break. However, the efficient enrichment of genetically modified cells using this technique is limited by the ability to detect such events. We have developed a Base Editing FLuorescent Activity REporter (BE-FLARE), which allows for the enrichment of cells that have undergone editing of target loci based on a fluorescence shift from BFP to GFP. We used BE-FLARE to evaluate the editing efficiency of APOBEC3A and APOBEC3B family members as alternatives deaminase domains to the rat APOBEC1 domain used in base editor 3 (BE3). We identified human APOBEC3A and APOBEC3B as highly efficient cytidine deaminases for base editing applications with unique properties. Using BE-FLARE to report on the efficiency and precision of editing events, we outline workflows for the accelerated generation of genetically engineered cell models and the discovery of alternative base editors.
机译：基础编辑是一种精确的基因组编辑方法，其使用脱氨酶-CAS9融合蛋白在原位的靶DNA中将细胞苷突变成胸苷，而不会产生双链断裂。然而，使用该技术的遗传修饰细胞的有效富集是受检测这些事件的能力的限制。我们开发了一种基础编辑荧光活动报告（BE-FLARE），其允许基于从BFP到GFP的荧光转变的荧光转变进行靶向靶基因座进行编辑的细胞的富集。我们使用Be-Flare来评估Apobec3a和apobec3b家族成员的编辑效率，作为基于基础编辑器3（be3）中使用的rat apobec1域的替代方法deaminase域。我们将人类apobec3a和apobec3b鉴定为高效的胞苷脱氨酶，用于基础编辑应用，具有独特的特性。使用Be-Flare来报告编辑事件的效率和精度，我们概述了加速生成转基因细胞模型的工作流程以及替代基础编辑器的发现。

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