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首页> 外文期刊>Genomics >In silico analysis of caprine superoxide dismutase 1 (SOD1) gene
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In silico analysis of caprine superoxide dismutase 1 (SOD1) gene

机译：在普里宁超氧化物歧化酶1（SOD1）基因的硅分析中

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Climatic change induced heat stress causes a formidable challenge for maintaining optimum productivity in goats. The SOD1 gene (superoxide dismutase 1) is one of the genes that regulates the heat tolerance capacity. This study aimed to in silico characterize this gene. Sequence based phylogenetic tree analysis showed the caprine SOD1 gene has close evolutional relationship with that of sheep. STRING database reveals its interaction with SOD2 (Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial), ATOX1 (Copper transport protein), RAC1 (Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1), GPX2 (Glutathione peroxidase 2), GPX4 (Glutathione peroxidase 4), GPX5, GPX6, CAT (Catalase). The KEGG pathway maps gave interaction with eNOS, iNOS, VEGF and MAPK in which gene transcription modulates response to heat stress. The three dimensional protein structure was predicted using Modeller, Phyre 2, and Swiss Model. Structure validation was done observing the Ramachandran Plot and Hydrophobicity Plot in Discovery Studio considering amino acid residues in favoured region.
机译：气候变化诱导的热应激导致适于山羊在山羊的最佳生产率的挑战。 SOD1基因（超氧化物歧化酶1）是调节耐热能力的基因之一。本研究旨在在硅中表征该基因。基于序列的系统发育树分析显示己内SOD1基因与羊具有近距离进化的关系。串数据库显示其与SOD2（超氧化物歧化酶[Mn]，线粒体），ATOX1（铜转运蛋白），RAC1（RAS相关C3肉毒杆菌毒素谱系1），GPX2（谷胱甘肽过氧化物酶2），GPX4（谷胱甘肽过氧化物酶4）相互作用， GPX5，GPX6，猫（过氧化氢酶）。 Kegg途径地图具有与eNOS，InOS，VEGF和MAPK的相互作用，其中基因转录调节对热应激的响应。使用Modeller，Phyre 2和Swiss模型预测了三维蛋白质结构。在考虑有利区域中的氨基酸残基，在发现工作室中的ramachandran绘图和疏水性图进行了结构验证。

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