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首页> 外文期刊>Epigenetics & Chromatin >Sequencing of methylase-accessible regions in integral circular extrachromosomal DNA reveals differences in chromatin structure
【24h】

Sequencing of methylase-accessible regions in integral circular extrachromosomal DNA reveals differences in chromatin structure

机译：整体圆形面孢子体DNA中甲基酶可接近区域的测序显示染色质结构的差异

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Although extrachromosomal DNA (ecDNA) has been intensively studied for several decades, the mechanisms underlying its tumorigenic effects have been revealed only recently. In most conventional sequencing studies, the high-throughput short-read sequencing largely ignores the epigenetic status of most ecDNA regions except for the junctional areas. Here, we developed a method of sequencing enzyme-accessible chromatin in circular DNA (CCDA-seq) based on the use of methylase to label open chromatin without fragmentation and exonuclease to enrich ecDNA sequencing depth, followed by long-read nanopore sequencing. Using CCDA-seq, we observed significantly different patterns in nucleosome/regulator binding to ecDNA at a single-molecule resolution. These results deepen the understanding of ecDNA regulatory mechanisms.
机译：虽然已经过分研究了几十年前的血栓性DNA（ECDNA），但最近仅揭示了其致瘤效应的机制。 在大多数常规测序研究中，高通量短读取测序在很大程度上忽略了除了连接区域之外的大多数ECDNA区域的表观遗传状态。 在此，我们在圆形DNA（CCDA-SEQ）中培养了一种在圆形DNA（CCDA-SEQ）中测序酶可接近染色质的方法，以在不破碎和外切核酸酶的情况下标记开放的染色质，以富集ECDNA测序深度，然后进行长读数纳米孔测序。 使用CCDA-SEQ，我们在单分子分辨率下观察到核小体/调节剂与ECDNA结合的显着不同的模式。 这些结果深化了对ecdna监管机制的理解。

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