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Smart Spaces for Adaptive Information Integration in Bioinformatics

机译：用于生物信息学中自适应信息集成的智能空间

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Bioinformatics is reaping the benefits of advances in Semantic Web technology thanks to the growing number of available biomedical web resources and portals. Although positive in general, this abundance poses practical challenges to researchers who must be skilled in techniques for retrieving and integrating sparse and complex contents, and thereof calls for more "intelligent" and user friendly ways of interaction to easily get information. With the aim of making available the intelligent functionality of smart systems, this paper presents SSAIIB (Smart Spaces for Adaptive Information Integration in Bioinformatics), a reference framework for designing bioinformatics smart applications that support discovering, aggregating and delivering contents from web resources according to user's goals, tasks and concerns. The "Smart Spaces" are software environments whose smartness lies in their ability to adaptively accomplish specific user's activities such as the exploiting content from biomedical resources, integrating data captured from different sources, supporting data analytics, etc. SSAIIB is structured around two main technologies: service oriented architectures and software agents. In particular, it relies on mechanisms for dynamically assembling suitable services and the use of agents as a natural metaphor for both modelling user's activities and accessing web resources. A case study is presented that shows the application of SSAIIB to the design and the implementation of a smart space for annotating biomedical texts.
机译：由于越来越多的可用生物医学网络资源和门户，生物信息学正从语义Web技术的发展中受益。尽管总的来说是积极的，但这种丰富性给必须精通检索和集成稀疏和复杂内容的技术的研究人员提出了实际挑战，因此需要更“智能”和用户友好的交互方式来轻松获取信息。为了提供智能系统的智能功能，本文介绍了SSAIIB（用于生物信息学的自适应信息集成的智能空间），这是一个用于设计生物信息学智能应用程序的参考框架，该应用程序支持根据用户的需求从Web资源中发现，汇总和传递内容目标，任务和关注点。 “智能空间”是软件环境，其智能在于能够自适应地完成特定用户的活动，例如，利用生物医学资源中的内容，整合从不同来源捕获的数据，支持数据分析等。SSAIIB围绕两种主要技术构建：面向服务的体系结构和软件代理。特别是，它依赖于动态组合合适服务的机制以及使用代理作为对用户活动进行建模和访问Web资源的自然隐喻的机制。提出了一个案例研究，说明了SSAIIB在设计和实现用于注释生物医学文本的智能空间中的应用。

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