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【24h】

An adaptive grid implementation of DNA sequence alignment

机译：DNA序列比对的自适应网格实现

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In this paper we have described a dynamic programming algorithm to compute k non-intersecting near-optimal alignments in linear space. In order to reduce its runtime significantly, we are using a hierarchical grid system as the computing platform. Static and dynamic load balancing approaches are investigated in order to achieve efficiently mapping onto this type of architecture, which has characteristics such as: (1) the resources in the grid systems have different computational power; (2) the resources usually are connected by networks with widely varying performance characteristics. At last, a new dynamic load balancing approach named scheduler-worker parallel paradigm is proposed and evaluated. (c) 2005 Elsevier B.V. All rights reserved.
机译：在本文中，我们描述了一种动态规划算法，用于计算线性空间中的k个非相交的近最佳比对。为了显着减少其运行时间，我们使用分层网格系统作为计算平台。为了有效地映射到这种类型的体系结构，研究了静态和动态负载平衡方法，该体系结构具有以下特征：（1）网格系统中的资源具有不同的计算能力； （2）通常，资源是通过性能特性差异很大的网络连接的。最后，提出并评估了一种新的动态负载均衡方法，称为调度程序-工作程序并行范例。 （c）2005 Elsevier B.V.保留所有权利。

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