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【24h】

Simulating synthetic polymer chains in parallel

机译：并行模拟合成聚合物链

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We have investigated algorithms that are particularly suited for the parallel molecular dynamics (MD) simulations of synthetic polymers. These algorithms distributed the atoms of the polymer among the processors. Dynamic non-bonded interactions, which are the difficult part of an MD simulation, are realized with the help of a new coarse-grained representation of the chain structure. We have devised and compared a master version and a distributed version of the algorithm. Surprisingly, the master version is competitive for a relatively large number of processors. We also developed two methods to improve load balancing. The resulting simulation package will be made available in the near future.
机译：我们研究了特别适合合成聚合物的平行分子动力学（MD）模拟的算法。这些算法在处理器之间分配聚合物的原子。动态的非键相互作用是MD模拟中的难点，可借助链结构的新的粗粒度表示来实现。我们设计并比较了该算法的主版本和分布式版本。令人惊讶的是，主版本在相对大量的处理器上具有竞争力。我们还开发了两种方法来改善负载平衡。生成的仿真程序包将在不久的将来提供。

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