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Genetic structure and phylogeography of rice landraces in Yunnan, China, revealed by SSR

机译：SSR揭示的云南水稻地方品种的遗传结构和种系

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Yunnan Province is one of the largest centers of genetic diversity of Oryza sativa L. in China, and in the world. Using a genetically representative core collection of 692 rice landraces from Yunnan, the genetic structure, differentiation, and geographic diversity of this rice germplasm were analyzed. The accessions were classified into different populations, according to the model-based structure analysis. Model-based populations were characterized through the reconstruction of a neighbor-joining tree, principal coordinate analysis, and the estimation of morphologic and SSR variations. Finally, the distribution of genetic diversity and differentiation among districts were studied. Seven model-based populations were identified on the basis of the structure analysis. This classification was partly consistent with Ting's 5-level taxonomic system. Differentiation between 2 rice subspecies is the most apparent, with a clearer differentiation between soil-watery ecotypes in japonica than in indica; however, differentiation among seasonal ecotypes in indica is clearer than in japonica. Cropping system and man-made restricted-growth environments could be considered to be the main forces driving the intraspecific differentiation of cultivated rice. It has been suggested that, because it possesses the highest genetic diversity and all the necessary conditions as a center of genetic diversity, the southwest region of Yunnan, encompassing Simao, Lincang, and Xishuangbanna districts, is the center of genetic diversity of Yunnan rice landraces.La province du Yunnan est l'un des plus grands centres de diversité génétique pour le riz (Oryza sativa L.) en Chine et au monde. En utilisant une collection nucléaire composée de 692 variétés de pays du Yunnan (Chine), la structure et la différenciation génétiques ainsi que la diversité géographique de ce germoplasme du riz ont été analysées. Les accessions ont été classées en différentes populations sur la base d'une analyse structurale fondée sur un modèle. Les populations définies par le modèle ont été caractérisées par reconstruction d'un arbre `neighbor-joining', par analyse en coordonnées principales et via la mesure de la variation morphologique et SSR. Finalement, la distribution de la diversité et de la différenciation génétiques au sein des districts a été étudiée. Sept populations fondées sur un modèle ont été identifiées par analyse structurale. Cette classification concordait partiellement avec le système taxonomique à cinq niveaux de Tingâs. La différenciation entre les 2 sous-espèces du riz est la plus apparente et la différenciation entre les écotypes cultivés sous inondation ou non est plus claire chez le type japonica que chez le type indica. Par contre, la différenciation des écotypes selon la saison de culture est plus claire chez le type indica que japonica. Le système cultural et l'intervention humaine pour produire un environnement restreignant la croissance seraient les principales forces derrière la différenciation intraspécifique chez le riz cultivé. Avec la plus grande diversité génétique et toutes les conditions nécessaires à un centre de diversité génétique, il est proposé que la région sud-ouest du Yunnan, incluant Simao, Lincang et Xishuangbanna, serait le centre de diversité génétique pour les variétés de pays du Yunnan.
机译：云南省是中国乃至世界最大的水稻遗传多样性中心之一。利用云南省692个水稻地方品种的具有遗传代表性的核心种质，分析了该水稻种质的遗传结构，分化和地理多样性。根据基于模型的结构分析，将种质分为不同的种群。通过重建相邻树，主坐标分析以及估计形态和SSR变异来表征基于模型的种群。最后，研究了区域间遗传多样性和分化的分布。在结构分析的基础上，确定了七个基于模型的总体。此分类部分与Ting的5级分类系统一致。两个水稻亚种之间的差异最为明显，粳稻的土壤水生态型与differentiation稻的生态型差异更明显。然而，in稻的季节性生态型差异要比粳稻更为明显。种植系统和人为的限制生长环境可以被认为是推动栽培稻种内分化的主要动力。有人提出，由于它具有最高的遗传多样性和作为遗传多样性中心的所有必要条件，云南西南地区，包括思茅，临沧和西双版纳地区，是云南稻地方种遗传多样性的中心。云南省的云南省及各大中心的合众国（Oryza sativa L.）利用云南省第692种变种核算数据库，以及分析和鉴定种质的多样性和多样性。在基础基地上的不同种族的人种分析在结构上的基础结构。根据重建的特点，通过变体形态学和SSR分析了本金和其他本金。结业，多元化和差异化发展的地区性结业。 9月的总体人口统计分析发现结构性。 Cette的分类符合参与制，分类制式为廷格斯。区别对待的两种差异性栽培种的栽培种，无论是非歧视性的还是附加的克莱尔形式的日本粳稻。在文化方面的区别，在文化上再加上日本的克莱尔·切斯勒式。文化和技术上的干预，向环境友好的新奥尔良法新社争取到优等生的差异化。云南大公国多元化发展和大手笔宣传，云南省发展的建议书，云南思茅，临沧等地的西双版纳花旗集团。

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