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A plant-transformation-competent BIBAC/BAC-based map of rice for functional analysis and genetic engineering of its genomic sequence

机译：基于植物转化能力的基于BIBAC / BAC的水稻图谱，用于其基因组序列的功能分析和遗传工程

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Sequencing of the rice genome has provided a platform for functional genomics research of rice and other cereal species. However, multiple approaches are needed to determine the functions of its genes and sequences and to use the genome sequencing results for genetic improvement of cereal crops. Here, we report a plant-transformation-competent, binary bacterial artificial chromosome (BIBAC) and bacterial artificial chromosome (BAC) based map of rice to facilitate these studies. The map was constructed from 20 835 BIBAC and BAC clones, and consisted of 579 overlapping BIBAC/BAC contigs. To facilitate functional analysis of chromosome 8 genomic sequence and cloning of the genes and QTLs mapped to the chromosome, we anchored the chromosomal contigs to the existing rice genetic maps. The chromosomal map consists of 11 contigs, 59 genetic markers, and 36 sequence tagged sites, spanning a total of ca. 38 Mb in physical length. Comparative analysis between the genetic and physical maps of chromosome 8 showed that there are 3 “hot” and 2 “cold” spots of genetic recombination along the chromosomal arms in addition to the “cold spot” in the centromeric region, suggesting that the sequence component contents of a chromosome may affect its local genetic recombination frequencies. Because of its plant transformability, the BIBAC/BAC map could provide a platform for functional analysis of the rice genome sequence and effective use of the sequencing results for gene and QTL cloning and molecular breeding.Le séquençage du génome du riz a fourni une plateforme pour la recherche en génomique fonctionnelle chez le riz et d'autres céréales. De nombreuses approches sont requises cependant pour déterminer la fonction des gènes et de la séquence ainsi que pour exploiter les résultats du séquençage pour l'amélioration génétique des céréales cultivées. Les auteurs rapportent une carte physique du riz basée sur des clones BIBAC (chromosomes artificiels bactériens compétents pour la transformation binaire des plantes) et BAC (chromosomes artificiels bactériens), laquelle facilitera ces travaux. La carte a été assemblée avec 20 835 clones BIBAC et BAC, lesquels formaient 579 contigs BIBAC/BAC chevauchants. Pour faciliter l'analyse fonctionnelle du chromosome 8 et cloner les gènes et QTL situés sur ce chromosome, les auteurs ont ancré les contigs chromosomiques aux cartes existantes du riz. La carte chromosomique comprend 11 contigs, 59 marqueurs génétiques et 37 marqueurs STS sur une distance totale de 38 Mb. Une comparaison des cartes génétique et physique du chromosome 8 a montré qu'il y a trois points «chauds» et deux points «froids» de recombinaison génétique sur les bras chromosomiques en plus du point «froid» de la région centromérique. Cela suggère que la composition d'un chromosome peut affecter les fréquences locales de recombinaison génétique. En raison de son utilité potentielle en transformation végétale, une carte BIBAC/BAC offre une plateforme pour l'analyse fonctionnelle du génome du riz et un emploi efficace de la séquence génomique pour le clonage de gènes et de QTL ainsi que pour la sélection moléculaire.
机译：水稻基因组测序为水稻和其他谷物物种的功能基因组学研究提供了平台。但是，需要多种方法来确定其基因和序列的功能，并将基因组测序结果用于谷物作物的遗传改良。在这里，我们报告了一种具有植物转化能力的二元细菌人工染色体（BIBAC）和基于细菌人工染色体（BAC）的水稻图谱，以促进这些研究。该图由20 835个BIBAC和BAC克隆构建而成，由579个重叠的BIBAC / BAC重叠群组成。为了促进8号染色体基因组序列的功能分析以及定位到该染色体的基因和QTL的克隆，我们将染色体重叠群锚定在现有的水稻遗传图谱上。染色体图谱由11个重叠群，59个遗传标记和36个序列标记的位点组成，全长约20 bp。物理长度为38 Mb。染色体8的遗传图谱和物理图谱之间的比较分析表明，除了着丝粒区域中的“冷点”外，沿着染色体臂还存在3个“热”和2个“冷”点的基因重组。染色体的含量可能影响其局部遗传重组频率。由于BIBAC / BAC的植物具有可转化性，因此它可以为水稻基因组序列的功能分析以及有效地利用测序结果进行基因和QTL克隆以及分子育种提供平台.Leséquençagedugénomedu riz in a fourni platforme pour芝士餐厅和美食餐厅。 De nombreuses批准了其他要求在法国建立和发展农业的先例，并由法国土地勘探和开发者协会负责。克隆基础上的人缘和体格健全的关系BIBAC（植物染色体技术）和BAC（细菌染色体技术），facilitera ces travaux。点菜和组装avec 20 835克隆BIBAC et BAC，lesquels formaient 579 contigs BIBAC / BAC chevauchant。倒入8号染色体的克隆分析方法，然后将其倒入染色体的QTL克隆位置，然后再将其复制到染色体上。包含11个重叠群的点菜染色体，59个marqueursgénétiques和37个marqueurs STS总共距离38 Mb。比较第8条染色体的生理学和生理学，比较法国的染色体染色体的“ chauds”和deux的“ froids”点以及“ froid”的c染色体的“点点”和“ deux点”。重组染色体的影响基因的组成。改造后的公用事业用电，BIBAC / BAC合同以及平板状浇注的分析方法，适用于QTL ainsiéqueéééééééééééééééééééééeééeééeéeéeéeéede la de laciéede laéénénéede laciéede la de laciéede la de laciéede la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de la deciéede laciéede laciéede la de laciéede la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de la de laCéléé

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