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Chromatin diminution in the copepod Mesocyclops edax: diminution of tandemly repeated DNA families from somatic cells

机译：co足类中环眼中的染色质减少：体细胞中串联重复的DNA家族减少

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摘要

Chromatin diminution, i.e., the loss of selected chromosomal regions during the differentiation of early embryonic cells into somatic cells, has been described in taxa as varied as ciliates, copepods, insects, nematodes, and hagfish. The nature of the eliminated DNA has been extensively studied in ciliate, nematode, and hagfish species. However, the small size of copepods, which makes it difficult to obtain enough DNA from early embryonic cells for cloning and sequencing, has limited such studies. Here, to identify the sequences eliminated from the somatic cells of a copepod species that undergoes chromatin diminution, we randomly amplified DNA fragments from germ line and somatic line cells of Mesocyclops edax, a freshwater cyclopoid copepod. Of 47 randomly amplified germ line clones, 45 (96%) contained short, tandemly repeated sequences composed of either 2 bp CA-repeats, 8 bp CAAATAGA-repeats, or 9 bp CAAATTAAA-repeats. In contrast, of 83 randomly amplified somatic line clones, only 47 (57%) contained such short, tandemly repeated sequences. As previously observed in some nematode species, our results therefore show that there is partial elimination of chromosomal regions containing (CAAATAGA and CAAATTAAA) repeated sequences during the chromatin diminution observed in the somatic cells of M. edax. We speculate that chromatin diminution might have evolved repeatedly by recruitment of RNAi-related mechanisms to eliminate nonfunctional tandemly repeated DNA sequences from the somatic genome of some species.Key words: chromatin diminution, Mesocyclops edax, copepod, satellite DNA, hetorochromatin.La diminution de la chromatine, i.e., la perte de certaines régions chromosomiques lors de la différenciation des cellules embryonnaires en cellules somatiques, a été décrite chez des groupes taxinomiques aussi différents que les protozoaires ciliés, les copépodes, les insectes, les nématodes et les myxines. La nature de cet ADN a été étudiée chez de nombreuses espèces de protozoaires ciliés, nématodes et myxines. La petite taille des copépodes rend difficile l'isolation d'ADN de leurs cellules embryonnaires et complique de surcroît l'étude du type d'ADN perdu au cours de la diminution de la chromatine observée chez plusieurs espèces. Nous avons étudié la nature de cet ADN en amplifiant, de façon aléatoire, des fragments d'ADN des cellules germinales et somatiques de Mesocyclops edax, une espèce de copépode cyclopoide d'eau douce. Des 47 séquences germinales, 45 (96 %) contenaient des séquences répétées en tandem CA, CAAATAGA ou CAAATTAAA. Par contre, seulement 47 (57 %) des 83 séquences somatiques contenaient de telles séquences répétées en tandem. Tel qu'observé chez des espèces de nématodes, nos résultats démontrent donc que la diminution de la chromatine chez M. edax consiste en une élimination partielle de régions chromosomiques contenant de courtes séquences (CAAATAGA et CAAATTAAA) répétées en tandem. Nous spéculons que cette diminution de la chromatine a pu évoluer de façon répétée en utilisant des mécanismes d'interférence par ARN pour éliminer les séquences répétées en tandem du génome somatique de certaines espèces.Mots clés : diminution de la chromatine, Mesocyclops edax, copépode, ADN satellite, hétérochromatine.
机译：染色质的减少，即在早期胚胎细胞分化为体细胞的过程中所选染色体区域的丢失，在分类群中被描述为纤毛虫，co足类，昆虫，线虫和生鱼。消除的DNA的性质已在纤毛，线虫和生鱼物种中进行了广泛的研究。但是，co足类动物的体型较小，难以从早期胚胎细胞中获得足够的DNA进行克隆和测序，因此这种研究受到了限制。在这里，为了确定从co足类物种的体细胞中去除的，经过染色质减少的序列，我们从淡水环足类co足动物Mesocyclops edax的生殖系和体细胞中随机扩增了DNA片段。在47个随机扩增的种系克隆中，有45个（96％）包含由2 bp CA重复序列，8 bp CAAATAGA重复序列或9 bp CAAATTAAA重复序列组成的短串联重复序列。相反，在83个随机扩增的体细胞系克隆中，只有47个（57％）包含如此短的串联重复序列。如先前在某些线虫物种中观察到的，因此我们的结果表明，在衣原体的体细胞中观察到的染色质减少期间，部分消除了包含（CAAATAGA和CAAATTAAA）重复序列的染色体区域。我们推测染色质的减少可能是通过募集RNAi相关机制从某些物种的体细胞基因组中消除无功能的串联重复DNA序列而反复进化的。关键词：染色质减少，中环回、,足类，卫星DNA，异染色质。染色质，即确定性的染色体染色体，细胞分化的细胞胚，体细胞分类学，昆虫学的起源和发展，昆虫学，植物学， ADN和自然界的原生动物，线虫和粘菌。小巧的铜质尾纤可分离出难以分辨的ADN纤维素细胞胚，并完全消除了ADN铬酸盐观察所造成的细微差别。扩大ADN的性质，外观，外观，ADN碎片细胞和中生菌种，以及coppopodedéeaude doce的名称。 Des 47séquencesgerminade，占CA，CAAATAGA或CAAATTAAA串联的séquencesrépétées的内容。连续三等奖，成绩47（57％），代表连续性。智利国家直辖市电话局，法国铬矿有限责任公司和法国铬矿商会（CAAATA）共同组成了由法国全国法院和地方法院批准的部分阿根廷国家石油和天然气工业公司发展了一种新型的多用途荧光光谱仪，在一定程度上促进了法国的色度，并在一定程度上促进了法国的色度。 ADN卫星，色氨酸。

著录项

  • 来源
    《Genome》 |2006年第6期|p.657-665|共9页
  • 作者

    Drouin Guy;

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  • 正文语种 eng
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