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首页> 外文期刊>IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics >An Efficient Approach Towards the Source-Target Control of Boolean Networks
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An Efficient Approach Towards the Source-Target Control of Boolean Networks

机译：一种有效的布尔网络源 - 目标控制方法

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We study the problem of computing a minimal subset of nodes of a given asynchronous Boolean network that need to be perturbed in a single-step to drive its dynamics from an initial state to a target steady state (or attractor), which we call the source-target control of Boolean networks. Due to the phenomenon of state-space explosion, a simple global approach that performs computations on the entire network may not scale well for large networks. We believe that efficient algorithms for such networks must exploit the structure of the networks together with their dynamics. Taking this view, we derive a decomposition-based solution to the minimal source-target control problem which can be significantly faster than the existing approaches on large networks. We then show that the solution can be further optimized if we take into account appropriate information about the source state. We apply our solutions to both real-life biological networks and randomly generated networks, demonstrating the efficiency and efficacy of our approach.
机译：我们研究了计算需要在单步中扰乱的给定异步布尔网络的最小节点子集的问题，以将其动态从初始状态驱动到目标稳态（或吸引子），我们调用源-Target控制布尔网络。由于状态空间爆炸现象，在大型网络上对整个网络执行计算的简单全局方法可能不会符号。我们认为，这些网络的有效算法必须利用网络结构以及其动态。拍摄此视图，我们将基于分解的解决方案推出到最小的源目标控制问题，这可以比大网络上的现有方法更快。然后，我们表明，如果我们考虑有关源状态的适当信息，可以进一步优化解决方案。我们将我们的解决方案应用于现实生活中的生物网络和随机生成的网络，展示了我们方法的效率和功效。

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