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Ribosome Flow Model on a Ring

机译：环上的核糖体流动模型

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The asymmetric simple exclusion process (ASEP) is an important model from statistical physics describing particles that hop randomly from one site to the next along an ordered lattice of sites, but only if the next site is empty. ASEP has been used to model and analyze numerous multiagent systems with local interactions including the flow of ribosomes along the mRNA strand. In ASEP with periodic boundary conditions a particle that hops from the last site returns to the first one. The mean field approximation of this model is referred to as the (RFMR). The RFMR may be used to model both synthetic and endogenous gene expression regimes. We analyze the RFMR using the theory of monotone dynamical systems. We show that it admits a continuum of equilibrium points and that every trajectory converges to an equilibrium point. Furthermore, we show that it entrains to periodic transition rates between the sites. We describe the implications of the analysis results to understanding and engineering cyclic mRNA translation in-vitro and in-vivo.
机译：非对称简单排除过程（ASEP）是统计物理学的重要模型，它描述了沿着一个有序的点阵从一个位置随机跳到另一个位置的粒子，但前提是下一个位置是空的。 ASEP已被用于建模和分析具有局部相互作用的多种多剂系统，包括核糖体沿mRNA链的流动。在具有周期性边界条件的ASEP中，从最后一个站点跳跃的粒子返回到第一个站点。该模型的平均场近似称为（RFMR）。 RFMR可以用于模拟合成和内源基因表达方案。我们使用单调动力系统理论分析RFMR。我们证明它接受了一个平衡点的连续体，并且每个轨迹都收敛到一个平衡点。此外，我们显示它夹带到站点之间的周期性过渡速率。我们描述了分析结果对体外和体内理解和工程化环状mRNA翻译的意义。

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