...
  • 主题
高级搜索  >
历史搜索 清空历史
首页> 外文期刊>Computational Biology and Bioinformatics, IEEE/ACM Transactions on >Markov Invariants for Phylogenetic Rate Matrices Derived from Embedded Submodels
【24h】

Markov Invariants for Phylogenetic Rate Matrices Derived from Embedded Submodels

机译：嵌入式子模型的系统发生速率矩阵的马尔可夫不变量

获取原文
获取原文并翻译 | 示例
           
页面导航
  • 摘要
  • 著录项
  • 相似文献
  • 相关主题

摘要

We consider novel phylogenetic models with rate matrices that arise via the embedding of a progenitor model on a small number of character states, into a target model on a larger number of character states. Adapting representation-theoretic results from recent investigations of Markov invariants for the general rate matrix model, we give a prescription for identifying and counting Markov invariants for such "symmetric embeddedȁD; models, and we provide enumerations of these for the first few cases with a small number of character states. The simplest example is a target model on three states, constructed from a general 2 state model; the "2 hookrightarrow 3ȁD; embedding. We show that for 2 taxa, there exist two invariants of quadratic degree that can be used to directly infer pairwise distances from observed sequences under this model. A simple simulation study verifies their theoretical expected values, and suggests that, given the appropriateness of the model class, they have superior statistical properties than the standard (log) Det invariant (which is of cubic degree for this case).
机译：我们考虑具有率矩阵的新型系统发育模型，这些模型是通过将先祖模型嵌入少量字符状态而生成的目标模型嵌入大量字符状态的目标模型而产生的。根据最近对一般费率矩阵模型进行的马尔可夫不变量研究的表示理论结果，我们为识别和计算此类“对称嵌入ȁD;”模型的马尔可夫不变量提供了一个处方，并且我们为前几个案例提供了这些枚举的一些小信息。最简单的示例是在三个状态下的目标模型，该目标模型是根据一般的2状态模型构建的；“ 2 hookrightarrow3ȁD；嵌入。我们表明，对于2个分类单元，在此模型下，存在两个二次度不变式，可用于直接从观察到的序列推断成对距离。一个简单的仿真研究验证了它们的理论期望值，并建议，考虑到模型类的适当性，它们具有比标准（对数）Det不变式（在这种情况下为立方度）优越的统计特性。

著录项

相似文献

  • 外文文献
  • 中文文献
  • 专利
获取原文

客服邮箱：kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备：11010802029741号 ICP备案号：京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有

  • 客服微信

  • 服务号