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【24h】

Constructing Level-2 Phylogenetic Networks from Triplets

机译：从三胞胎构建二级系统发育网络

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Jansson and Sung showed that, given a dense set of input triplets T (representing hypotheses about the local evolutionary relationships of triplets of taxa), it is possible to determine in polynomial time whether there exists a level-1 network consistent with T, and if so, to construct such a network [24]. Here, we extend this work by showing that this problem is even polynomial time solvable for the construction of level-2 networks. This shows that, assuming density, it is tractable to construct plausible evolutionary histories from input triplets even when such histories are heavily nontree-like. This further strengthens the case for the use of triplet-based methods in the construction of phylogenetic networks. We also implemented the algorithm and applied it to yeast data.
机译：Jansson和Sung表明，给定一组密集的输入三元组T（表示关于分类单元的三元组的局部进化关系的假设），可以在多项式时间内确定是否存在与T一致的1级网络，以及是否因此，构建这样的网络[24]。在这里，我们通过显示该问题甚至对于构建2级网络也可以解决多项式时间的方式来扩展这项工作。这表明，假设密度，即使输入的三元组非常类似于树状结构，也可以根据输入的三元组构造合理的进化历史。这进一步加强了在构建系统发育网络中使用基于三重态的方法的理由。我们还实现了该算法，并将其应用于酵母数据。

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