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The Undirected Incomplete Perfect Phylogeny Problem

机译：无向不完全理想系统发育问题

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The incomplete perfect phylogeny (IPP) problem and the incomplete perfect phylogeny haplotyping (IPPH) problem deal with constructing a phylogeny for a given set of haplotypes or genotypes with missing entries. The earlier approaches for both of these problems dealt with restricted versions of the problems, where the root is either available or can be trivially reconstructed from the data, or certain assumptions were made about the data. In this paper, we deal with the unrestricted versions of the problems, where the root of the phylogeny is neither available nor trivially recoverable from the data. Both IPP and IPPH problems have previously been proven to be NP-complete. Here, we present efficient enumerative algorithms that can handle practical instances of the problem. Empirical analysis on simulated data shows that the algorithms perform very well both in terms of speed and in terms accuracy of the recovered data.
机译：不完整的系统发育（IPP）问题和不完整的系统发育单倍型（IPPH）问题涉及为给定的单倍型或缺失条目的基因型集构建系统发育。解决这两个问题的较早方法处理的是问题的受限版本，其中根是可用的，或者可以根据数据进行微不足道的重建，或者对数据进行了某些假设。在本文中，我们处理问题的不受限制版本，其中系统发育的根既不可用也不可以从数据中轻易恢复。先前已证明IPP和IPPH问题都是NP完全的。在这里，我们提出了可以处理实际问题实例的有效枚举算法。对模拟数据的经验分析表明，该算法在速度和恢复数据的准确性方面均表现出色。

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