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Statistical analysis of RNA backbone

机译：RNA主链的统计分析

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Local conformation is an important determinant of RNA catalysis and binding. The analysis of RNA conformation is particularly difficult due to the large number of degrees of freedom (torsion angles) per residue. Proteins, by comparison, have many fewer degrees of freedom per residue. In this work, we use and extend classical tools from statistics and signal processing to search for clusters in RNA conformational space. Results are reported both for scalar analysis, where each torsion angle is separately studied, and for vectorial analysis, where several angles are simultaneously clustered. Adapting techniques from vector quantization and clustering to the RNA structure, we find torsion angle clusters and RNA conformational motifs. We validate the technique using well-known conformational motifs, showing that the simultaneous study of the total torsion angle space leads to results consistent with known motifs reported in the literature and also to the finding of new ones.
机译：局部构象是RNA催化和结合的重要决定因素。由于每个残基的自由度（扭转角）很多，因此RNA构象的分析特别困难。相比之下，蛋白质每个残基的自由度要少得多。在这项工作中，我们使用经典工具从统计和信号处理中扩展，以在RNA构象空间中搜索簇。报告的结果既用于标量分析（其中分别研究每个扭转角），也用于矢量分析（其中同时聚集多个角度）。从矢量量化和聚类到RNA结构的适应技术，我们发现了扭转角簇和RNA构象基序。我们使用众所周知的构象图案验证了该技术，表明对总扭转角空间的同步研究得出的结果与文献中报道的已知图案一致，并且还发现了新的图案。

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