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首页> 外文期刊>IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics >Multiseed lossless filtration
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Multiseed lossless filtration

机译：多种子无损过滤

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We study a method of seed-based lossless filtration for approximate string matching and related bioinformatics applications. The method is based on a simultaneous use of several spaced seeds rather than a single seed as studied by Burkhardt and Karkkainen. We present algorithms to compute several important parameters of seed families, study their combinatorial properties, and describe several techniques to construct efficient families. We also report a large-scale application of the proposed technique to the problem of oligonucleotide selection for an EST sequence database.
机译：我们研究了一种基于种子的无损过滤方法，用于近似字符串匹配和相关的生物信息学应用。该方法基于同时使用多个间隔的种子，而不是Burkhardt和Karkkainen研究的单个种子。我们提出算法来计算种子家族的几个重要参数，研究其组合特性，并描述构建有效家族的几种技术。我们还报告了该技术在EST序列数据库的寡核苷酸选择问题上的大规模应用。

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