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首页> 外文期刊>Journal of Bioinformatics and Computational Biology >OBSERVATION CONFLICT RESOLUTION IN STEADY-STATE METABOLIC NETWORK DYNAMICS ANALYSIS
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OBSERVATION CONFLICT RESOLUTION IN STEADY-STATE METABOLIC NETWORK DYNAMICS ANALYSIS

机译：稳态代谢网络动力学分析中的观测冲突解决

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Steady state metabolic network dynamics analysis (SMDA) is a recently proposed computational metabolomics tool that (i) captures a metabolic network and its rules via a metabolic network database, (ii) mimics the reasoning of a biochemist, given a set of metabolic observations, and (iii) locates efficiently all possible metabolic activation/inactivation (flux) alternatives. However, a number of factors may cause the SMDA algorithm to eliminate feasible flux scenarios. These factors include (i) inherent error margins in observations (measurements), (ii) lack of knowledge to classify measurements as normal versus abnormal, and (iii) choosing a highly constrained metabolic subnetwork to query against. In this work, we first present and formalize these obstacles. Then, we propose techniques to eliminate them and present an experimental evaluation of our proposed techniques.
机译：稳态代谢网络动力学分析（SMDA）是最近提出的一种计算代谢组学工具，该工具（i）通过代谢网络数据库捕获代谢网络及其规则，（ii）在给出一组代谢观察结果的情况下模仿生物化学家的推理， （iii）有效地找到所有可能的代谢激活/灭活（通量）替代方法。但是，许多因素可能导致SMDA算法消除可行的通量方案。这些因素包括：（i）观测值（测量值）中的固有误差范围；（ii）缺乏将测量值分类为正常还是异常的知识；（iii）选择要查询的高度受限的代谢子网。在这项工作中，我们首先提出并正式确定这些障碍。然后，我们提出了消除它们的技术，并对我们提出的技术进行了实验评估。

著录项

  • 来源
  • 作者

    A. ERCUMENT CICEK; GULTEKIN OZSOYOGLU;

  • 作者单位

    A. ERCUMENT CICEK Department of Electrical Engineering and Computer Science, Case Western Reserve University, 10900 Euclid Ave., Cleveland, OH 44106, USAaec51@case.edu GULTEKIN OZSOYOGLU Department of Electrical Engineering and Computer Science, Case Western Reserve University, 10900 Euclid Ave., Cleveland, OH 44106, USAtekin@case.edu;

  • 收录信息
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类
  • 关键词

    Metabolomics; metabolic profile; SMDA.;

    机译：代谢组学代谢状况SMDA。;

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