A SYSTEMS BIOLOGY APPROACH FOR DETECTING TOXICITY-RELATED HOTSPOTS INSIDE PROTEIN INTERACTION NETWORKS

KAUSHAL DESAI∗†‡ DAVID BROTT†§ XIAOHUA HU∗¶and ANASTASIA CHRISTIANSON

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A SYSTEMS BIOLOGY APPROACH FOR DETECTING TOXICITY-RELATED HOTSPOTS INSIDE PROTEIN INTERACTION NETWORKS

机译：检测蛋白质相互作用网络中与毒性相关的热点的系统生物学方法

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Drug-induced neutropenia can be fatal when severe and therefore requires an improvednunderstanding of its mechanism(s) of toxicity. Systems biology provides an opportunitynto understand adverse events after drug administration using analysis of biomolecularnnetworks. In this study, a human protein interaction network was analyzed to identifynproteins that are most central to topological paths connecting a drug’s target proteinsnto hematopoiesis-related proteins. For a set of non-immune neutropenia inducing drugs,n9 proteins were found to be common to putative signaling paths across all drugs evaluated.nAll 9 proteins showed relevance to neutrophil biology. Geneset enrichment analysisnshowed that proteins associated with cancer-related processes such as apoptosis providentopological linkages between drug targets and proteins involved in neutrophil production.nThe algorithm can be applied towards analysis of any toxicity where the drugs andnthe physiological processes involved in the toxic mechanism are known.

机译：药物诱发的中性粒细胞减少症在严重时可能是致命的，因此需要对其毒性机制有更深的了解。系统生物学为使用生物分子网络分析药物给药后的不良事件提供了机会。在这项研究中，分析了人类蛋白质相互作用网络，以鉴定连接药物靶标蛋白质和造血相关蛋白质的拓扑路径中最重要的蛋白质。对于一组非免疫性中性粒细胞减少症诱导药物，发现在所有评估的药物中，假定的信号通路均含有n9蛋白。n9种蛋白均显示与嗜中性粒细胞生物学相关。基因集富集分析表明，与细胞凋亡等癌症相关过程相关的蛋白质在药物靶标和嗜中性粒细胞产生所涉及的蛋白质之间提供了拓扑联系。n该算法可用于分析已知药物和涉及毒性机制的生理过程的任何毒性。

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来源
《Journal of Bioinformatics and Computational Biology》 |2011年第5期|p.647-662|共16页
作者
KAUSHAL DESAI∗†‡ DAVID BROTT†§ XIAOHUA HU∗¶and ANASTASIA CHRISTIANSON;
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作者单位

∗Drexel UniversityPhiladelphia, PA 19104, USA†AstraZeneca PharmaceuticalsWilmington, DE 19850, USA;

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正文语种 eng
中图分类
关键词
Systems biology; protein interaction networks; toxicogenomics;

机译：系统生物学;蛋白质相互作用网络;毒理基因组学;

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