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RELATIVE VON NEUMANN ENTROPY FOR EVALUATING AMINO ACID CONSERVATION

机译：冯·纽曼熵用于评估氨基酸保守性

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The Shannon entropy is a common way of measuring conservation of sites in multiple sequence alignments, and has also been extended with the relative Shannon entropy to account for background frequencies. The von Neumann entropy is another extension of the Shannon entropy, adapted from quantum mechanics in order to account for amino acid similarities. However, there is yet no relative von Neumann entropy defined for sequence analysis.nnWe introduce a new definition of the von Neumann entropy for use in sequence analysis, which we found to perform better than the previous definition. We also introduce the relative von Neumann entropy and a way of parametrizing this in order to obtain the Shannon entropy, the relative Shannon entropy and the von Neumann entropy at special parameter values. We performed an exhaustive search of this parameter space and found better predictions of catalytic sites compared to any of the previously used entropies.
机译：香农熵是在多个序列比对中测量位点保守性的一种常用方法，并且还通过相对香农熵进行了扩展以说明背景频率。 von Neumann熵是Shannon熵的另一种扩展，它是根据量子力学改编的，以解决氨基酸的相似性。但是，尚无用于序列分析的相对冯·诺依曼熵定义。nn我们引入了一种用于序列分析的冯·诺依曼熵的新定义，我们发现它的性能比以前的定义更好。我们还介绍了相对冯·诺依曼熵以及对其进行参数化的方法，以便获得特殊参数值下的香农熵，相对香农熵和冯·诺依曼熵。我们对该参数空间进行了详尽的搜索，并发现与以前使用的任何熵相比，对催化位点的预测更好。

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