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Class prediction of closely related plant varieties using gene expression profiling

机译：利用基因表达谱对紧密相关植物品种进行分类预测

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In recent years, class prediction experiments have been largely developed in cancer research with the aim of classifying unknown samples by examining their expression signature. In natural populations, a significant component of gene expression variability is also heritable. Citrus species are an ideal model to accomplish the study of these questions in plants, due to the existence of varieties derived from somatic mutations that are likely to differ from each other by one or a few point mutations but are phenotypically indistinguishable at early vegetative stages. The small genetic variability existing among these varieties makes molecular markers ineffective in distinguishing genotypes within a particular species. Gene expression profiles have been used to predict mandarin clementine varieties (Citrus clementina Hort. ex Tan.) by means of two independent supervised learning algorithms: Support Vector Machines and Prediction Analysis of Microarrays. The results show that transcriptional variation is variety-dependent in citrus, and supervised clustering methods may correctly assign blind samples to varieties when both training and test samples are under the same experimental conditions.
机译：近年来，在癌症研究中已经广泛开发了类别预测实验，其目的是通过检查未知样本的表达特征对其进行分类。在自然种群中，基因表达变异性的重要组成部分也是可遗传的。柑橘属物种是在植物中完成这些问题研究的理想模型，这是由于存在源自体细胞突变的变种，这些变体可能彼此相差一个或几个点突变，但在早期营养阶段在表型上无法区分。这些变种之间存在的较小的遗传变异性使分子标记无法有效区分特定物种内的基因型。基因表达谱已通过两种独立的监督学习算法：支持向量机和微阵列预测分析，用于预测柑桔柑桔品种（Citrus clementina Hort。Tan）。结果表明，柑橘中的转录变异是依赖于品种的，当训练和测试样品处于相同的实验条件下时，监督聚类方法可以正确地将盲样品分配给品种。

著录项

  • 来源
    《Journal of Experimental Botany》 |2007年第8期|1927-1933|共7页
  • 作者

    G Ancillo1 J Gadea2 J Forment2 J Guerri1 and L Navarro1;

  • 作者单位

    Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) Carretera Moncada-Náquera Km. 4.5 46113 Moncada (Valencia) Spain;

    Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas (IBMCP) Universidad Politécnica de Valencia Laboratorio de Genómica Avenida de los Naranjos s 46022 Valencia Spain;

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