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Green sea turtle (Chelonia mydas) population history indicates important demographic changes near the mid-Pleistocene transition

机译：绿海龟（Chelonia mydas）的种群历史表明，在中更新世过渡期附近发生了重要的人口变化

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摘要

The increased availability of genome sequences has provided remarkable advances in our understanding of the evolutionary history of non-model species. One important consideration in evolutionary studies is the role of demographic history in shaping contemporary levels and distribution of genetic variation. In green sea turtles (Chelonia mydas), a draft genome sequence has recently been made available, yet little is known regarding how past demographic events have shaped genomic variation in populations of this species. In this study, single nucleotide polymorphisms were identified in the green sea turtle's genome and used to reconstruct past demographic events. It was found that this green sea turtle population, from the South China Sea, experienced a marked expansion ca. 0.8 million years ago near the mid-Pleistocene transition (MPT). Simulations revealed that the past demographic history can at least partially be explained by changes in population structure and gene flow; possibly associated with the climatic and geomagnetic events occurring since the MPT. The results demonstrate the importance in considering the effects of gene flow when reconstructing historical changes in population size and provide an extensive set of genomic resources for future evolutionary studies of green sea turtles.
机译：基因组序列可用性的提高为我们对非模型物种进化史的理解提供了非凡的进展。进化研究中的一个重要考虑因素是人口历史在塑造当代水平和遗传变异分布中的作用。在绿海龟（Chelonia mydas）中，最近已经获得了基因组序列草图，但对于过去的人口统计学事件如何影响该物种种群的基因组变异知之甚少。在这项研究中，在绿海龟的基因组中鉴定出单核苷酸多态性，并将其用于重建过去的人口统计学事件。发现来自南中国海的绿海龟种群经历了明显的扩张。 80万年前，靠近中更新世过渡期（MPT）。模拟显示，过去的人口统计学历史至少可以部分地由种群结构和基因流的变化来解释。可能与自MPT以来发生的气候和地磁事件有关。结果表明，在重建种群规模的历史变化时，考虑基因流的影响非常重要，并为绿海龟的未来进化研究提供了广泛的基因组资源。

著录项

  • 来源
    《Marine biology》 |2018年第7期|110.1-110.7|共7页
  • 作者

    Fitak Robert R.; Johnsen Sonke;

  • 作者单位

    Duke Univ, Dept Biol, Box 90338, Durham, NC 27708 USA;

    Duke Univ, Dept Biol, Box 90338, Durham, NC 27708 USA;

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