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Defining the consequences of genetic variation on a proteome-wide scale

机译：在整个蛋白质组学范围内确定遗传变异的后果

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摘要

Genetic variation modulates protein expression through both transcriptional and post-transcriptional mechanisms. To characterize the consequences of natural genetic diversity on the proteome, here we combine a multiplexed, mass spectrometry-based method for protein quantification with an emerging outbred mouse model containing extensive genetic variation from eight inbred founder strains. By measuring genome-wide transcript and protein expression in livers from 192 Diversity outbred mice, we identify 2,866 protein quantitative trait loci (pQTL) with twice as many local as distant genetic variants. These data support distinct transcriptional and post-transcriptional models underlying the observed pQTL effects. Using a sensitive approach to mediation analysis, we often identified a second protein or transcript as the causal mediator of distant pQTL. Our analysis reveals an extensive network of direct protein-protein interactions. Finally, we show that local genotype can provide accurate predictions of protein abundance in an independent cohort of collaborative cross mice.
机译：遗传变异通过转录和转录后机制调节蛋白质表达。为了表征自然遗传多样性对蛋白质组学的影响，在这里，我们结合了一种基于质谱的多路复用蛋白质定量方法，以及一种新兴的近交小鼠模型，该模型包含来自8个近交创始人菌株的广泛遗传变异。通过测量来自192个多样性近交系小鼠的肝脏中的全基因组转录本和蛋白质表达，我们确定了2,866个蛋白质定量性状位点（pQTL），具有两倍于本地遗传变量。这些数据支持观察到的pQTL效应的独特转录和转录后模型。使用敏感的方法进行中介分析，我们经常确定第二种蛋白质或转录本是远距离pQTL的因果介体。我们的分析揭示了直接蛋白质相互作用的广泛网络。最后，我们显示了局部基因型可以在独立的协作型交叉小鼠队列中提供蛋白质丰度的准确预测。

著录项

  • 来源
    《Nature》 |2016年第7608期|500-505|共6页
  • 作者

    Chick Joel M.; Munger Steven C.; Simecek Petr; Huttlin Edward L.; Choi Kwangbom; Gatti Daniel M.; Raghupathy Narayanan; Svenson Karen L.; Churchill Gary A.; Gygi Steven P.;

  • 作者单位

    Harvard Univ, Sch Med, Boston, MA 02115 USA;

    Jackson Lab, 600 Main St, Bar Harbor, ME 04609 USA;

    Jackson Lab, 600 Main St, Bar Harbor, ME 04609 USA;

    Harvard Univ, Sch Med, Boston, MA 02115 USA;

    Jackson Lab, 600 Main St, Bar Harbor, ME 04609 USA;

    Jackson Lab, 600 Main St, Bar Harbor, ME 04609 USA;

    Jackson Lab, 600 Main St, Bar Harbor, ME 04609 USA;

    Jackson Lab, 600 Main St, Bar Harbor, ME 04609 USA;

    Jackson Lab, 600 Main St, Bar Harbor, ME 04609 USA;

    Harvard Univ, Sch Med, Boston, MA 02115 USA;

  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《工程索引》(EI);美国《生物学医学文摘》(MEDLINE);美国《化学文摘》(CA);
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