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【24h】

Genomic organization of human transcription initiation complexes

机译：人类转录起始复合物的基因组组织

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摘要

The human genome is pervasively transcribed, yet only a small fraction is coding. Here we address whether this non-coding transcription arises at promoters, and detail the interactions of initiation factors TATA box binding protein (TBP), transcription factor IIB (TFIIB) and RNA polymerase (Pol) Ⅱ. Using ChIP-exo (chromatin immuno-precipitation with lambda exonuclease digestion followed by high-throughput sequencing), we identify approximately 160,000 transcription initiation complexes across the human K562 genome, and more In other cancer genomes. Only about 5% associate with messenger RNA genes. The remainder associates with non-polyadenylated non-coding transcription. Regardless, Pol Ⅱ moves into a transcriptionally paused state, and TBP and TFIIB remain at the promoter. Remarkably, the vast majority of locations contain the four core promoter elements- upstream TFIIB recognition element (BRE_u), TATA, downstream TFIIB recognition element (BRE_d), and initiator element (INR)-in constrained positions. All but the INR also reside at Pol Ⅲ promoters, where TBP makes similar contacts. This comprehensive and high-resolution yeast to humans at Pol Ⅱ/Ⅲ TATA-containing/TATA-less coding and non-coding genes.
机译：人类基因组被普遍转录，但只有一小部分在编码。在这里，我们讨论这种非编码转录是否在启动子上发生，并详细说明起始因子TATA盒结合蛋白（TBP），转录因子IIB（TFIIB）和RNA聚合酶（Pol）Ⅱ的相互作用。使用ChIP-exo（染色质免疫沉淀和λ外切核酸酶消化，然后进行高通量测序），我们在整个人K562基因组中以及其他癌症基因组中鉴定了约160,000个转录起始复合体。仅约5％与信使RNA基因缔合。其余与非聚腺苷酸化的非编码转录相关。无论如何，PolⅡ进入转录暂停状态，而TBP和TFIIB保留在启动子上。值得注意的是，绝大多数位置在约束位置包含四个核心启动子元件-上游TFIIB识别元件（BRE_u），TATA，下游TFIIB识别元件（BRE_d）和启动器元件（INR）。除INR外，其他所有基因都位于PolⅢ启动子上，TBP在该启动子上有相似的接触。这种全面而高分辨率的酵母对人类而言是含有PolⅡ/ⅢTATA的/不含TATA的编码和非编码基因。

著录项

  • 来源
    《Nature》 |2013年第7469期|53-58|共6页
  • 作者

    Bryan J. Venters; B. Franklin Pugh;

  • 作者单位

    Centerfor Eukaryotic Gene Regulation, Department of Biochemistry and Molecular Biology, The Pennsylvania State University, University Park, Pennsylvania 16802, USA,Department of Molecular Physiology and Biophysics, Vanderbilt University School of Medicine, Nashville, Tennessee 37232, USA;

    Centerfor Eukaryotic Gene Regulation, Department of Biochemistry and Molecular Biology, The Pennsylvania State University, University Park, Pennsylvania 16802, USA;

  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《工程索引》(EI);美国《生物学医学文摘》(MEDLINE);美国《化学文摘》(CA);
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