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Genome-wide Analysis Of Notch Signalling In Drosophila By Transgenic Rnai

机译：全基因组果蝇Notch信号转基因Rnai的分析。

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Genome-wide RNA interference (RNAi) screens have identified near-complete sets of genes involved in cellular processes. However, this methodology has not yet been used to study complex developmental processes in a tissue-specific manner. Here we report the use of a library of Drosophila strains expressing inducible hairpin RNAi constructs to study the Notch signalling pathway during external sensory organ development. We assigned putative loss-of-function phenotypes to 21.2% of the protein-coding Drosophila genes. Using secondary assays, we identified 6 new genes involved in asymmetric cell division and 23 novel genes regulating the Notch signalling pathway. By integrating our phenotypic results with protein interaction data, we constructed a genome-wide, functionally validated interaction network governing Notch signalling and asymmetric cell division. We used clustering algorithms to identify nuclear import pathways and the COP9 signallosome as Notch regulators. Our results show that complex developmental processes can be analysed on a genome-wide level and provide a unique resource for functional annotation of the Drosophila genome.
机译：全基因组的RNA干扰（RNAi）筛查已经确定了参与细胞过程的几乎完整的基因集。但是，该方法尚未用于以组织特异性方式研究复杂的发育过程。在这里，我们报告使用果蝇菌株的库表达可诱导的发夹RNAi构建，以研究外部感觉器官发育过程中的Notch信号通路。我们将推定的功能丧失表型分配给了21.2％的蛋白编码果蝇基因。使用二级测定，我们确定了6个参与不对称细胞分裂的新基因和23个调节Notch信号通路的新基因。通过整合我们的表型结果与蛋白质相互作用数据，我们构建了一个全基因组，功能验证的相互作用网络，来控制Notch信号传导和不对称细胞分裂。我们使用聚类算法来识别核输入途径和作为Notch调节剂的COP9信号小体。我们的结果表明，复杂的发育过程可以在全基因组水平上进行分析，并为果蝇基因组的功能注释提供了独特的资源。

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